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27 feb. 2019

Matriz cromática: el heatmap de los biólogos moleculares

Heatmap (o heat map), en el sentido de cualquiera de las representaciones que ilustran esta entrada, no ha tenido traducción en el ámbito de la biología molecular y la bioinformática porque en muchos idiomas hemos optado por usarlo en inglés. Pero vamos a hacer un esfuerzo, con la inestimable ayuda de los compañeros de @tremedica, en especial @navarrotradmed y @Jose_m_montero.
Si alguien está pensando en traducir heatmap por termografía (thermography), que sepa que ya tiene su propio significado y no conviene montar polisemias. En este campo, termograma suele utilizarse para la imagen obtenida con un termógrafo. Aunque termografía según el DLE sea sinónimo de termograma, muchos especialistas consideran la termografía una técnica, no un resultado gráfico.

Además, ¿debe heat traducirse por calor o temperatura cuando lo que se representan son intensidades, actividades, densidades, etc. en una gama de colores? Pues igual no, y la traducción por «de color/es», el adjetivo «cromático» o incluso el prefijo «cromo-» parecen más acertadas.

Con respecto al map, no parece un mapa en el sentido del término en español. Tampoco me parece apropiado llamarlo gráfico porque suele estar más asociado a una representación cartesiana. Se le podría llamar distribución e incluso diagrama, aunque este último queda descartado porque los diagramas cromáticos ya están bien asentados en el campo de la física desde 1931 y no son como los adjuntos a esta entrada. Tampoco podemos usar cromograma porque ya es polisémico (chromogram y kromogram) en la fotografía. Y mucho menos cromatograma (chromatogram), íntimamente ligado a la cromatografía.

La traducción más ajustada será matriz cromática, que no parece tener uso en ningún campo concreto. Tiene la ventaja de que la definición matemática de matriz se ajusta muy bien y ya se ha empleado en otras cosas de aspecto parecido: las micromatrices (microarray o DNA chips). Además, cuadra muy bien con la definición que ofrece la Wikipedia (a heatmap is a graphical representation of data where the individual values contained in a matrix are represented as colors), o sea, que sirven para representar con colores los valores de una matriz. Deben incluir la clave de colores (color key) para los valores representados, que suele ir del rojo al verde pasando por el negro, del rojo o amarillo al azul pasando por el blanco, o cualquier otra gama de tres o más colores.

Por tanto, ¿habrá mejor denominación que matriz cromática? Por lo dicho más arriba, lo prefiero a «matriz de colores», pero no me preguntéis el motivo por el que no veo claro «cromomatriz», a pesar de que la considere más apropiada que «matriz térmica».

Otra ventaja de «matriz cromática» es que nos permite especificar, si el contexto lo necesita y sin forzar la gramática, el tipo de valores que se representan: matriz cromática de intensidades, matriz cromática de densidades, matriz cromática de expresión, etc.

Se admiten sugerencias y puntualizaciones.

22 feb. 2019

7 términos 7 que utilizamos mal

Recientemente he enviado a las redes este artículo en el que se explica por qué son incorrectos una serie de términos relacionados con la salud que oímos y leemos con frecuencia. Te  los resumo aquí:
  • carbohidrato, hidrato de carbonoglúcido (palabra de bioquímico).
  • flora intestinal, flora bacterianamicrobiota
  • sistema inmunológico, sistema inmunesistema inmunitario
  • coeficiente intelectual → cociente intelectual
  • severograve, intenso, pronunciado
  • cetosis (aparición de cuerpos cetónicos) ≠ cetoacidosis (exceso de cuerpos cetónicos)
  • apretar el abdomen → trabajar los abdominales
De entrada, bravo por de Vitónica (@vitonica). La otra cara de la moneda la pone la RAE (@RAEinforma), que sanciona como correctos en el DLE y otros diccionarios algunos de los términos erróneos, simplemente por «se usan mucho». Como diría Forges, ¡país!

8 feb. 2019

No confundas conformación con configuración

Si tenemos dos moléculas con los átomos enlazados de la misma manera, pero sabemos que son diferentes (como los limonenos de la imagen), se dice que son estereoisómeros. Los hay de dos tipos: conformacionales (interconvertibles por rotación de los enlaces químicos) y configuracionales (interconvertibles por rotura y formación de enlaces). Así que conformación y configuración no son términos sinónimos.

La conformación alude a la disposición de los elementos que componen un conjunto, por lo que de ella depende la forma final de la molécula. Dicho aspecto surge de la rotación de átomos y grupos atómicos alrededor de cada enlace simple. Por eso suele ocurrir con rapidez, lo que no excluye la existencia de algún impedimento energético o estérico que dificulte o incluso impida los movimientos. Como ejemplos, tenemos el intercambio entre las conformaciones sin/anti de los nucleótidos, o bote/silla y endo/exo para los glúcidos.

Como la configuración electrónica hace referencia a la distribución de los electrones de un átomo en orbitales s, p, d, f, etc., la configuración (que a veces se acompaña del adjetivo «estérica» o «espacial» para diferenciarla de la electrónica) se refiere a la estructura química permanente de una molécula en función de la disposición tridimensional de los átomos o los radicales unidos a un centro quiral o asimétrico. Lo más importante es que para cambiar de configuración hace falta romper enlaces químicos, mientras que no se rompía ninguno cuando se cambiaba de conformación.
Por lo tanto, el paso de una configuración cis a trans, de Z a E y de R a S (sí estas tres parejas se escriben en cursiva) implica la rotura de un enlace. Lo mismo ocurre con las configuraciones D y L (estas no van en cursiva, como mucho en versalita) de los glúcidos. Se consideran estereoisómeros configuracionales los enantiómeros (enantiomers) y los diastereómeros (diastereomer) —también denominados diastereoisómeros (diastereoisomers), pero no es etimológico el término diasterómero (diasteromer)—.