Aunque estos dos términos se suelen utilizar como si fueran sinónimos (como aquí), en realidad no lo son.
La microbiota se refiere al conjunto de comunidades microbianas que coloniza un determinado nicho ecológico, con lo que se puede considerar sinónimo de flora bacteriana (un término acuñado cuando a las bacterias se las consideraba plantas). Para muchos investigadores, parece que el único nicho importante es el humano. Para su estudio se usan las técnicas de cultivo tradicionales.
En cambio, microbioma se refiere al conjunto de genomas, o genoma colectivo, formado por los distintos microorganismos que forman una microbiota. De nuevo, muchos creen que solo existe el microbioma humano. Para su estudio se emplean la tecnología genómica de alto rendimiento (high throughput). Reíros, pero estamos en camino de generar un humanoma.
Gracias a @plluberas por inspirarme con su pregunta en el foro de @MedTrad_RedIRIS, y a Lucila Sanz por los enlaces que aportó.
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