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25 abr. 2019

Cómo distinguir citocina de citosina

Hace poco vimos cómo evitar los problemas de homofonía entre quimosina y quimiocina. Luego espero haber explicado bien la diferencia entre timina y timidina. Vamos ahora a abordar la confusión entre los homófonos citocina (una proteína señalizadora) y la citosina (una base nitrogenada).

La citosina (cytosine) es una de las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos que Albrecht Kossel y Albert Neumann descubrieron en 1894 en el timo de ternera. Se encuentra tanto en el DNA como en el RNA y su fórmula, derivada de la pirimidina, se encuentra aquí al lado.

En cambio, las citocinas (cytokines), o citoquinas, son unas proteinillas de menos de 20 kDa que intervienen en la señalización celular (sobre todo para el sistema inmunitario), e incluyen quimiocinas (chemokines), interferones, interleucinas (interleukins), linfocinas (lymphokines) y los factores de necrosis tumoral. En todos estos términos prefiero la versión acabada en -cina a la acabada en -quina debido al origen etimológico de la palabra citocina.

Ojo, que las citocinas no son ni hormonas ni factores de crecimiento. Y la citosina, menos.

11 abr. 2019

La timidina no es timina (y otros desaguisados nucleotídicos)

No sé cuál es la extraña razón por la que resulta demasiado frecuente (sobre todo cuando quien lo escribe tiene formación médica) que llamen timidina (thymidine) a la base nitrogenada timina (thymine). Solo se me ocurre porque también se llama timina (thymin) a la timopoyetina. Aunque todos ellos tengan como raíz común el timo (del latín thymus, que procede del griego θύμος [thýmos,  'tomillo', por la semejanza de la glándula con la flor de esta planta), no es motivo para confundirlos.

Las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos son cinco, dos de ellas púricas (adenina y guanina) y las otras tres, pirimidínicas (citosina, uracilo y timina). Cuando la base nitrogenada se une a la pentosa, se forma un nucleósido. El nombre de los nucleósidos se forma por la adición del sufijo -osina a la base púrica, y el sufijo -idina a la base pirimidínica. Así tenemos:
  • adenina → adenosina
  • guanina → guanosina
  • citosina → citidina
  • uracilo → uridina
  • timina → timidina
Cómo son estos nombres en inglés lo puedes consultar en esta página. Para marcar la diferencia de pentosa, se recurre a los prefijos ribo- cuando es ribosa y desoxi- cuando es desoxirribosa. El problema es que la timidina, que debería ser desoxitimidina, no recibió tal nombre cuando se publicó en 1929.

Cuando al nucleósido se le une el fosfato, entonces tenemos el nucleótido, que se nombra como un ácido o la sal que le corresponde a partir del nombre de la base púrica (adenilato y guanilato) o a partir del nucleósido pirimidínico (citidilato, uridilato y timidilato).

Ojo, si al nombrar el nucleósido de dice mono-, di- o trifosfato de..., entonces no se pone el nombre de la base ni del nucleótido, sino del nucleósido: monofosfato de adenosina, trifosfato de timidina. Como curiosidad, el término nucleótido lo acuñó Levene en un artículo de 1908, mientras que nucleósido lo acuñó un año después.

21 mar. 2019

Pipeline: un tipo de workflow

Muchos asociarán pipeline con tubería, oleoducto, o incluso con una cartera de productos medico-farmacéuticos en fase de desarrollo. Pero en el entorno (bio)informáticopipeline se utiliza en sentido figurado para indicar un código informático en el que los datos pasan secuencialmente por una serie de procesos (programas, órdenes, métodos, funciones...), como un chorro (stream) de información, hasta completar toda la tarea (task). Las peculiaridades de cualquier pipeline son:
  • cada uno de los procesos es autónomo, es decir, se puede ejecutar fuera del pipeline;
  • los procesos están encadenados, de manera que la salida de uno es la entrada del siguiente;
  • el encadenamiento es lineal (sin ramificaciones) y unidireccional (cual chorro de agua por una tubería; supongo que ya habréis captado la metáfora).
Por tanto, debemos considerar que pipeline es un caso concreto de flujo de trabajo (workflow) en el que los procesos se ejecutan de manera lineal, unos detrás de otros, sin ramificar, y sin recursividad ni vuelta atrás. Tanto unos como otros se representan en diagramas de flujo (flowcharts) como el que acompaña a esta entrada.

El origen de pipeline está en el signo | (pipe) del unix, que el sirve para encadenar distintas órdenes (commands) en las que proceso n no empezará hasta que haya acabado el n – 1:
  $ proceso 1 | ... | proceso n-1 | proceso n | proceso n+1 | ... | proceso final
De ahí que, cuando se traduce, se utilicen con frecuencia los términos tubo o tubería. No vería con malos ojos el neologismo «tubulación»Sin embargo, yo creo que son más apropiados canalización, concatenación o encadenamiento porque se pueden calificar con los adjetivos computacional o informático cuando sea necesario, y se pueden convertir en verbos (canalizar, concatenar, encadenar) o en adjetivos (canalizado, concatenado, encadenado). En cambio, de tubo, tubería y tubulación tenemos el adjetivo tubular, pero no hay verbo (tubulacionar sería un sesquipedalismo innecesario).

Si lo que queremos es innovar, traduzcamos el término pipe (canal) por el sufijo -ducto para acuñar neologismos, como informoducto o computaducto, que no existen en la web. Se admiten sugerencias de todo tipo.

Espero que, de paso, se os aclaren los problemas conceptuales del tándem pipeline workflow (flujo de trabajo canalizado/concatenado/encadenado) y que ambos términos no son sinónimos ni de lejos.

27 feb. 2019

Matriz cromática: el heatmap de los biólogos moleculares

Heatmap (o heat map), en el sentido de cualquiera de las representaciones que ilustran esta entrada, no ha tenido traducción en el ámbito de la biología molecular y la bioinformática porque en muchos idiomas hemos optado por usarlo en inglés. Pero vamos a hacer un esfuerzo, con la inestimable ayuda de los compañeros de @tremedica, en especial @navarrotradmed y @Jose_m_montero.
Si alguien está pensando en traducir heatmap por termografía (thermography), que sepa que ya tiene su propio significado y no conviene montar polisemias. En este campo, termograma suele utilizarse para la imagen obtenida con un termógrafo. Aunque termografía según el DLE sea sinónimo de termograma, muchos especialistas consideran la termografía una técnica, no un resultado gráfico.

Además, ¿debe heat traducirse por calor o temperatura cuando lo que se representan son intensidades, actividades, densidades, etc. en una gama de colores? Pues igual no, y la traducción por «de color/es», el adjetivo «cromático» o incluso el prefijo «cromo-» parecen más acertadas.

Con respecto al map, no parece un mapa en el sentido del término en español. Tampoco me parece apropiado llamarlo gráfico porque suele estar más asociado a una representación cartesiana. Se le podría llamar distribución e incluso diagrama, aunque este último queda descartado porque los diagramas cromáticos ya están bien asentados en el campo de la física desde 1931 y no son como los adjuntos a esta entrada. Tampoco podemos usar cromograma porque ya es polisémico (chromogram y kromogram) en la fotografía. Y mucho menos cromatograma (chromatogram), íntimamente ligado a la cromatografía.

La traducción más ajustada será matriz cromática, que no parece tener uso en ningún campo concreto. Tiene la ventaja de que la definición matemática de matriz se ajusta muy bien y ya se ha empleado en otras cosas de aspecto parecido: las micromatrices (microarray o DNA chips). Además, cuadra muy bien con la definición que ofrece la Wikipedia (a heatmap is a graphical representation of data where the individual values contained in a matrix are represented as colors), o sea, que sirven para representar con colores los valores de una matriz. Deben incluir la clave de colores (color key) para los valores representados, que suele ir del rojo al verde pasando por el negro, del rojo o amarillo al azul pasando por el blanco, o cualquier otra gama de tres o más colores.

Por tanto, ¿habrá mejor denominación que matriz cromática? Por lo dicho más arriba, lo prefiero a «matriz de colores», pero no me preguntéis el motivo por el que no veo claro «cromomatriz», a pesar de que la considere más apropiada que «matriz térmica».

Otra ventaja de «matriz cromática» es que nos permite especificar, si el contexto lo necesita y sin forzar la gramática, el tipo de valores que se representan: matriz cromática de intensidades, matriz cromática de densidades, matriz cromática de expresión, etc.

Se admiten sugerencias y puntualizaciones.

22 feb. 2019

7 términos 7 que utilizamos mal

Recientemente he enviado a las redes este artículo en el que se explica por qué son incorrectos una serie de términos relacionados con la salud que oímos y leemos con frecuencia. Te  los resumo aquí:
  • carbohidrato, hidrato de carbonoglúcido (palabra de bioquímico).
  • flora intestinal, flora bacterianamicrobiota
  • sistema inmunológico, sistema inmunesistema inmunitario
  • coeficiente intelectual → cociente intelectual
  • severograve, intenso, pronunciado
  • cetosis (aparición de cuerpos cetónicos) ≠ cetoacidosis (exceso de cuerpos cetónicos)
  • apretar el abdomen → trabajar los abdominales
De entrada, bravo por de Vitónica (@vitonica). La otra cara de la moneda la pone la RAE (@RAEinforma), que sanciona como correctos en el DLE y otros diccionarios algunos de los términos erróneos, simplemente por «se usan mucho». Como diría Forges, ¡país!

8 feb. 2019

No confundas conformación con configuración

Si tenemos dos moléculas con los átomos enlazados de la misma manera, pero sabemos que son diferentes (como los limonenos de la imagen), se dice que son estereoisómeros. Los hay de dos tipos: conformacionales (interconvertibles por rotación de los enlaces químicos) y configuracionales (interconvertibles por rotura y formación de enlaces). Así que conformación y configuración no son términos sinónimos.

La conformación alude a la disposición de los elementos que componen un conjunto, por lo que de ella depende la forma final de la molécula. Dicho aspecto surge de la rotación de átomos y grupos atómicos alrededor de cada enlace simple. Por eso suele ocurrir con rapidez, lo que no excluye la existencia de algún impedimento energético o estérico que dificulte o incluso impida los movimientos. Como ejemplos, tenemos el intercambio entre las conformaciones sin/anti de los nucleótidos, o bote/silla y endo/exo para los glúcidos.

Como la configuración electrónica hace referencia a la distribución de los electrones de un átomo en orbitales s, p, d, f, etc., la configuración (que a veces se acompaña del adjetivo «estérica» o «espacial» para diferenciarla de la electrónica) se refiere a la estructura química permanente de una molécula en función de la disposición tridimensional de los átomos o los radicales unidos a un centro quiral o asimétrico. Lo más importante es que para cambiar de configuración hace falta romper enlaces químicos, mientras que no se rompía ninguno cuando se cambiaba de conformación.
Por lo tanto, el paso de una configuración cis a trans, de Z a E y de R a S (sí estas tres parejas se escriben en cursiva) implica la rotura de un enlace. Lo mismo ocurre con las configuraciones D y L (estas no van en cursiva, como mucho en versalita) de los glúcidos. Se consideran estereoisómeros configuracionales los enantiómeros (enantiomers) y los diastereómeros (diastereomer) —también denominados diastereoisómeros (diastereoisomers), pero no es etimológico el término diasterómero (diasteromer)—.

10 ene. 2019

Xantofila, porque no todas las -filas son esdrújulas

Es muy habitual que los términos acabados en -filo o -fila los hagamos esdrújulos porque suelen formarse con el sufijo griego -φιλος (-philos, amante de). Tenemos así de hidrófilo, bibliófilo, necrófilo, pedófilo y zoófilo, entre otros. Entonces, ¿por qué son llanas las palabras clorofila, esporofilo, anisofilo, calofila, macro- y microsporofila, o monofila? Pues porque se forman con otro sufijo griego: φύλλον (phýllon, hoja). Una manera de distinguirlos es que los esdrújulos son adjetivos que proceden de un sustantivo que acaba en -filia (hidrofilia, bibliofilia, necofilia, pedofilia, zoofilia, etc.), mientras que los otros, o son ya son sustantivos, o no proceden de un sustantivo terminado en -filia.

Una vez sabido esto, no debe extrañarnos que el término xantofila (xanthophyll), que reúne los carotenoides pigmentados que proporcionan a las hojas secas su característico tono (así como el código alimentario E-161), sea una palabra llana (como viene en el VCTRAC). Sus formantes vienen del griego xanthos (ξανθός, amarillo) y phýllon (φύλλον, hoja).

¿Acaso habrá quien lo use como esdrújula (xantófila)? Pues sí, son una legión, empezando por la Wikipedia, los códigos alimentarios, diccionarios como el Collins o el DEIA, para acabar en infinidad de blogs y páginas dedicadas a la alimentación. Así que ya podéis empezar a recomendar a diestro y siniestro aquello de «cópiame 100 veces "xantofila es una palabra llana, no esdrújula"».

28 dic. 2018

¿Qué se obtiene de equinos que no son caballos ni iguales? Pues otro calco del inglés

La equinenona [echinenone (EN) o échinénone (FR)] es un lípido que se sintetiza a partir del β-caroteno (mejor que beta-caroteno) tanto en las bacterias como en muchos invertebrados marinos, insectos y mamíferos. Se trata pues de una xantofila (xanthophyll) y no xantófila. Pero esto será otra historia.

Recibió este nombre al aislarse por primera vez de los erizos de mar (sea urchin), o equinos. Estos equinos vienen del griego ἐχῖνος, echînos, y no tienen ninguna relación lingüística con el adjetivo y sustantivo equino referente a los caballos, puesto que viene de la raíz latina equīnus. También debe quedar claro que el equi- de echînos tampoco tiene ninguna relación con el prefijo equi- (del latín aequi-, igual) que aparece en equivalente, equidistante, equiángulo, equilibrio, equinoccio, etc.

Nuestros equinos pertenecen a la clase Echinoidea, o sea, son equinodermos (ἐχῖνος, echînos → erizo, y δέρμα, derma → piel). Por eso, habría que haberse planteado que la traducción  echinenone → equinonona, a pesar de que la traducción más usada, y sancionada por el VCTRAC, sea equinenona, uno de los tantísimos calcos del inglés que superpueblan la ciencia.

15 dic. 2018

El petricor y la tierra mojada

Muchos conocemos e incluso disfrutamos del olor que produce la primera lluvia tras un largo período de sequía. Este aroma ha sido bautizado como petricor (petrichor), por la unión de dos palabras griegas: πέτρα (pétra) que significa piedra e ἰχώρ (icór; ichor transcrito al inglés), palabra con la que se hacía referencia al líquido que fluía por las venas de los dioses en la mitología griega, y que también estaba en la ambrosía o néctar. Apareció por primera vez en 1964 en la revista Nature acuñado por dos geólogos australianos, Isabel Joy Bear y Roderick G. Thomas. Un año después, la palabra aparecía en el título de un nuevo artículo en Nature

Bear y Thomas describieron que el olor se debía a la evaporación de un un aceite exudado por ciertas plantas durante periodos de sequía al que se añadían otros compuestos volátiles generados por los microorganismos del suelo, principalmente las actinobacterias y, en menor medida, las cianobacterias y algunos hongos. Entre la media centena de compuestos responsables del petricor destaca la geosmina (geosmin), que significa en griego «aroma de la tierra». Este mismo compuesto produce aromas desagradables en el vino que los catadores denominan aromas terrosos, es característico de las aguas residuales, y es también responsable del sabor a cieno de las carpas.

¡Ah! No busques estos términos en el DLE porque, como otros tantísimos términos científicos, no vienen. En el VCTRAC se recoge geosmina y en el Oxford Reference encontrarás petrichor.

15 nov. 2018

Genómica nutricional, nutrigenética y nutrigenómica

Los términos nutrigenética y la nutrigenómica a menudo se confunden o se utilizan indistintamente de manera errónea, porque son dos caras de la misma moneda, como se observa en la figura adjunta. La «moneda» se denomina genómica nutricional (nutritional genomics) y engloba los estudios que buscan las relaciones entre el genoma humano, la nutrición (alimentación) y la salud.

La nutrigenómica (nutrigenomics) estudia cómo afecta lo que comemos (bien sean los nutrientes, los alimentos en sí, o incluso los suplementos alimenticios) a la expresión de los genes y, en consecuencia, a la salud de la persona. Con ello se persigue la personalización de la dieta en función del genotipo, puesto que cada persona responde de manera diferente a los alimentos debido que su genotipo es diferente al de las demás personas. Un ejemplo sería el estudio de cómo responde la salud cardiovascular o la obesidad de una persona según la cantidad de grasas de la dieta.

Por su parte la nutrigenética (nutrigenetics) estudia el efecto que tienen las diferencias genéticas (polimorfismos) sobre la absorción, el transporte, la metabolización y la eliminación de nutrientes, toxinas y alimentos. Dicho en pocas palabras, pretende prever cómo responderá una persona a los nutrientes ingeridos en función de sus variantes genéticas. Se podría determinar así cuál es la ingestión ideal de calorías, vitaminas y otros nutrientes para cada individuo (no todos tenemos las mismas necesidades nutricionales porque no todos tenemos el mismo genotipo). Por ejemplo, si la persona presenta determinadas mutaciones de la fenilalanina—hidroxilasa, su dieta deberá contener poco o nada del aminoácido fenilalanina.

El resultado común de los estudios de genómica nutricional es la elaboración de una dieta personalizada para prevenir enfermedades y gozar de la mejor salud posible.