About.me/mgclaros

10 mar. 2020

COVID-19 es femenino, queridos míos

Estamos inmersos en una pandemia causada por un virus de nombre coronavirus 2 del SRAG (SARS-CoV-2). Por tanto, es lógico citarlo como el (virus) SARS-CoV-2 o simpliciarlo a el coronavirus. Está estrechamente emparentado, como su nombre indica, con el que provoca el SRAG (síndrome respiratorio agudo grave, SARS en inglés), pero no es la misma enfermedad. Por eso, y para que pueda pronunciarse casi en cualquier idioma y no aluda a una localización geográfica específica, ni a un animal, ni a ningún grupo de personas, la OMS ha decidido el 11 de febrero de 2020 denominarla coronavirus disease 2019 y abreviarla con «CO» (coronavirus), «VI» (virus), «D» (disease) y 19 por el año del brote: COVID-19. Se traducirá como enfermedad por coronavirus de 2019, pero el acrónimo se deja intacto (por ahora). Para nombrarla con propiedad usaremos la COVID-19, porque núcleo sintáctico principal es el sustantivo femenino disease → enfermedad.

Si todos mantuviéramos esta diferencia de género entre el virus y la enfermedad, evitaríamos que muchos llamen al virus por el nombre de la enfermedad, porque la COVID-19 está provocada por el SARS-CoV-2. La COVID-19 es una enfermedad, no un virus.

Dije que por ahora usamos COVID-19, pero sería buena idea que intentemos traducir su nombre, igual que hicimos con el AIDS → sida y el SARS → SRAG. Podemos usar la enfermedad por coronavirus de 2019 (ECOV-19), o bien la neumonía coronavírica de 2019, e incluso crear un neologismo: la coronavirosis de 2019.

PD: gracias a la Fundéu, Bertha Gutiérrez, Gustavo Silva y Álvaro Villegas por inspirar los últimos añadidos traductoriles y ciertas correcciones.

5 feb. 2020

Transgénico y cisgénico

Inspirado por el libro Transgénicos sin miedo de @jmmulet (cuya lectura recomiendo sin ambages), puedo informaros y os informo de que el término transgénico lo usaron por primera vez Gordon y Ruddle en este artículo de Science como contrapunto a cisgénico (cambios en el genoma de una especie por alteración del DNA de la propia especie, como cambiar un gen de sitio). La frase de la página 1244 del número de diciembre de 1981 decía:

The feasibility of producing such genetically transformed mice, which we call "transgenic" mice, depends upon several factors.

Al año siguiente (1982) los autores colocaron su neologismo transgenic en el título de un trabajo. Posiblemente, la consolidación se produjera cuando otro autor (W. Petri) publicó en setiembre de ese mismo año un artículo, esta vez en Nature, con el neologismo en un sitio privilegiado: Transgenic organisms and development.

14 ene. 2020

JAK no es otra cinasa más

Las JAK son una familia de tirosina cinasas intracelulares que intervienen (y dan nombre) a la vía JAK-STAT de transducción de la señal de las citocinas (cytokines). Al no tener función receptora, se asocian a uno de los receptores membranarios de citocinas (véase la figura del final).

Su nombre procede de una gracieta en inglés, just another kinase, debido a que se encontraron en un escrutinio masivo de cinasas por PCR. Luego se renombraron como Janus kinases (cinasas Jano, mejor que cinasas de Janus o Janus cinasas) en referencia a Jano, el dios romano de las puertas, los comienzos, las transiciones y los finales. Pero no le dieron este nombre por desencadenar la vía JAK-STAT, sino por la inesperada característica de que su actividad cinasa dependía de dos dominios (véase el esquema de la derecha), que asimilaron a las dos caras de Jano.

Puesto que la K de JAK viene de kinase, no parece acertado hablar de las cinasas JAK, del mismo modo que no debemos hablar de las reacciones de PCR.


20 dic. 2019

Ácidos nucleicos esféricos y el velcro

Sabemos que hay ácidos nucleicos monocatenarios (single stranded), bicatenarios (double stranded), ahorquillados (hairpin), circulares..., pero ¿esféricos? Pues sí. En 1996, el grupo de investigación de Chad Alexander Mirkin en la Universidad del Noroeste, en Evanston (Illinois, Estados Unidos), describió unas nanopartículas que llevaban en su superficie una densa población de oligonucleótidos monocatenarios dispuestos ortogonalmente, como púas, en algo muy parecido a un erizo de mar, o mejor aún, a un abrojo como el de la semilla de la bardana (en el que el suizo George de Mestral se inspiró para crear el velcro [yuxtaposición de los términos franceses acortados velours + crochet en metáfora a la naturaleza de las dos tiras que lo componen]).

Estos ácidos nucleicos esféricos (spherical nucleic acids) o ANE (SNAs) presentan propiedades únicas que están revolucionando el diagnóstico molecular, la regulación génica, la medicina e incluso la ciencia de los materiales. Su naturaleza «pegajosa» (como el velcro) hace que las células los capten con facilidad, donde gracias a la secuencia y disposición de los oligonucleótidos, silencian (tratamiento, regulación) o detectan (diagnóstico) la expresión de un gen. En cambio, cuando se expresa el gen destinatario, no pasará nada aunque estén dentro de la célula. De ahí que se estén realizando ensayos clínicos para usar los ANE en tratamientos dirigidos, selectivos y sin efectos secundarios.

Sí, reconozco que el nombre no les hace mucha justicia en español (ni en inglés). Quizá hubiera sido más razonable llamarlos esferas de ácidos nucleicos, pero entonces no podría haber empezado esta entrada con la frase con la que la he comenzado, puesto que todas las estructuras nucleicas se caracterizan con un adjetivo, no con un sustantivo.

20 jun. 2019

Hidrolizado, pero no hidrolisado

Las palabras acabadas en -lisis (del griego ‒́λυσις → ‒́lysis), además de ser esdrújulas (aunque se admiten algunas formas llanas), significan que lo que hay en la raíz se ha roto, descompuesto, disuelto o degradado. Cuando se forma un verbo, la última s se convierte en una z a la que se añade la terminación -ar:
  • análisis → analizar
  • catálisis → catalizar
  • diálisis → dializar
  • hemodiálisis → hemodializar
  • parálisis → paralizar
  • psicoanálisis → psicoanalizar
Pero hay otro conjunto de estos términos con los que dudamos, a pesar de que siguen la misma regla:
La única excepción, que es la que provoca las dudas anteriores, es que lisis (1, 2) → lisar. También nos puede llevar a duda que en francés se mantiene la s en estos términos (hydrolyser, hémolysé, électrolyser, etc.).
Por tanto, independientemente de cómo se escriba en inglés o francés, los adjetivos derivados de estos verbos serán con z: analizado, catalizado, dializado, paralizado, psicoanalizado, electrolizado, fotolizado, hemolizado o hidrolizado. De nuevo, la excepción será lisado.

25 abr. 2019

Cómo distinguir citocina de citosina

Hace poco vimos cómo evitar los problemas de homofonía entre quimosina y quimiocina. Luego espero haber explicado bien la diferencia entre timina y timidina. Vamos ahora a abordar la confusión entre los homófonos citocina (una proteína señalizadora) y la citosina (una base nitrogenada).

La citosina (cytosine) es una de las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos que Albrecht Kossel y Albert Neumann descubrieron en 1894 en el timo de ternera. Se encuentra tanto en el DNA como en el RNA y su fórmula, derivada de la pirimidina, se encuentra aquí al lado.

En cambio, las citocinas (cytokines), o citoquinas, son unas proteinillas de menos de 20 kDa que intervienen en la señalización celular (sobre todo para el sistema inmunitario), e incluyen quimiocinas (chemokines), interferones, interleucinas (interleukins), linfocinas (lymphokines) y los factores de necrosis tumoral. En todos estos términos prefiero la versión acabada en -cina a la acabada en -quina debido al origen etimológico de la palabra citocina.

Ojo, que las citocinas no son ni hormonas ni factores de crecimiento. Y la citosina, menos.

11 abr. 2019

La timidina no es timina (y otros desaguisados nucleotídicos)

No sé cuál es la extraña razón por la que resulta demasiado frecuente (sobre todo cuando quien lo escribe tiene formación médica) que llamen timidina (thymidine) a la base nitrogenada timina (thymine). Solo se me ocurre porque también se llama timina (thymin) a la timopoyetina. Aunque todos ellos tengan como raíz común el timo (del latín thymus, que procede del griego θύμος [thýmos,  'tomillo', por la semejanza de la glándula con la flor de esta planta), no es motivo para confundirlos.

Las bases nitrogenadas de los ácidos nucleicos son cinco, dos de ellas púricas (adenina y guanina) y las otras tres, pirimidínicas (citosina, uracilo y timina). Cuando la base nitrogenada se une a la pentosa, se forma un nucleósido. El nombre de los nucleósidos se forma por la adición del sufijo -osina a la base púrica, y el sufijo -idina a la base pirimidínica. Así tenemos:
  • adenina → adenosina
  • guanina → guanosina
  • citosina → citidina
  • uracilo → uridina
  • timina → timidina
Cómo son estos nombres en inglés lo puedes consultar en esta página. Para marcar la diferencia de pentosa, se recurre a los prefijos ribo- cuando es ribosa y desoxi- cuando es desoxirribosa. El problema es que la timidina, que debería ser desoxitimidina, no recibió tal nombre cuando se publicó en 1929.

Cuando al nucleósido se le une el fosfato, entonces tenemos el nucleótido, que se nombra como un ácido o la sal que le corresponde a partir del nombre de la base púrica (adenilato y guanilato) o a partir del nucleósido pirimidínico (citidilato, uridilato y timidilato).

Ojo, si al nombrar el nucleósido de dice mono-, di- o trifosfato de..., entonces no se pone el nombre de la base ni del nucleótido, sino del nucleósido: monofosfato de adenosina, trifosfato de timidina. Como curiosidad, el término nucleótido lo acuñó Levene en un artículo de 1908, mientras que nucleósido lo acuñó un año después.

21 mar. 2019

Pipeline: un tipo de workflow

Muchos asociarán pipeline con tubería, oleoducto, o incluso con una cartera de productos medico-farmacéuticos en fase de desarrollo. Pero en el entorno (bio)informáticopipeline se utiliza en sentido figurado para indicar un código informático en el que los datos pasan secuencialmente por una serie de procesos (programas, órdenes, métodos, funciones...), como un chorro (stream) de información, hasta completar toda la tarea (task). Las peculiaridades de cualquier pipeline son:
  • cada uno de los procesos es autónomo, es decir, se puede ejecutar fuera del pipeline;
  • los procesos están encadenados, de manera que la salida de uno es la entrada del siguiente;
  • el encadenamiento es lineal (sin ramificaciones) y unidireccional (cual chorro de agua por una tubería; supongo que ya habréis captado la metáfora).
Por tanto, debemos considerar que pipeline es un caso concreto de flujo de trabajo (workflow) en el que los procesos se ejecutan de manera lineal, unos detrás de otros, sin ramificar, y sin recursividad ni vuelta atrás. Tanto unos como otros se representan en diagramas de flujo (flowcharts) como el que acompaña a esta entrada.

El origen de pipeline está en el signo | (pipe) del unix, que el sirve para encadenar distintas órdenes (commands) en las que proceso n no empezará hasta que haya acabado el n – 1:
  $ proceso 1 | ... | proceso n-1 | proceso n | proceso n+1 | ... | proceso final
De ahí que, cuando se traduce, se utilicen con frecuencia los términos tubo o tubería. No vería con malos ojos el neologismo «tubulación»Sin embargo, yo creo que son más apropiados canalización, concatenación o encadenamiento porque se pueden calificar con los adjetivos computacional o informático cuando sea necesario, y se pueden convertir en verbos (canalizar, concatenar, encadenar) o en adjetivos (canalizado, concatenado, encadenado). En cambio, de tubo, tubería y tubulación tenemos el adjetivo tubular, pero no hay verbo (tubulacionar sería un sesquipedalismo innecesario).

Si lo que queremos es innovar, traduzcamos el término pipe (canal) por el sufijo -ducto para acuñar neologismos, como informoducto o computaducto, que no existen en la web. Se admiten sugerencias de todo tipo.

Espero que, de paso, se os aclaren los problemas conceptuales del tándem pipeline workflow (flujo de trabajo canalizado/concatenado/encadenado) y que ambos términos no son sinónimos ni de lejos.

27 feb. 2019

Matriz cromática: el heatmap de los biólogos moleculares

Heatmap (o heat map), en el sentido de cualquiera de las representaciones que ilustran esta entrada, no ha tenido traducción en el ámbito de la biología molecular y la bioinformática porque en muchos idiomas hemos optado por usarlo en inglés. Pero vamos a hacer un esfuerzo, con la inestimable ayuda de los compañeros de @tremedica, en especial @navarrotradmed y @Jose_m_montero.
Si alguien está pensando en traducir heatmap por termografía (thermography), que sepa que ya tiene su propio significado y no conviene montar polisemias. En este campo, termograma suele utilizarse para la imagen obtenida con un termógrafo. Aunque termografía según el DLE sea sinónimo de termograma, muchos especialistas consideran la termografía una técnica, no un resultado gráfico.

Además, ¿debe heat traducirse por calor o temperatura cuando lo que se representan son intensidades, actividades, densidades, etc. en una gama de colores? Pues igual no, y la traducción por «de color/es», el adjetivo «cromático» o incluso el prefijo «cromo-» parecen más acertadas.

Con respecto al map, no parece un mapa en el sentido del término en español. Tampoco me parece apropiado llamarlo gráfico porque suele estar más asociado a una representación cartesiana. Se le podría llamar distribución e incluso diagrama, aunque este último queda descartado porque los diagramas cromáticos ya están bien asentados en el campo de la física desde 1931 y no son como los adjuntos a esta entrada. Tampoco podemos usar cromograma porque ya es polisémico (chromogram y kromogram) en la fotografía. Y mucho menos cromatograma (chromatogram), íntimamente ligado a la cromatografía.

La traducción más ajustada será matriz cromática, que no parece tener uso en ningún campo concreto. Tiene la ventaja de que la definición matemática de matriz se ajusta muy bien y ya se ha empleado en otras cosas de aspecto parecido: las micromatrices (microarray o DNA chips). Además, cuadra muy bien con la definición que ofrece la Wikipedia (a heatmap is a graphical representation of data where the individual values contained in a matrix are represented as colors), o sea, que sirven para representar con colores los valores de una matriz. Deben incluir la clave de colores (color key) para los valores representados, que suele ir del rojo al verde pasando por el negro, del rojo o amarillo al azul pasando por el blanco, o cualquier otra gama de tres o más colores.

Por tanto, ¿habrá mejor denominación que matriz cromática? Por lo dicho más arriba, lo prefiero a «matriz de colores», pero no me preguntéis el motivo por el que no veo claro «cromomatriz», a pesar de que la considere más apropiada que «matriz térmica».

Otra ventaja de «matriz cromática» es que nos permite especificar, si el contexto lo necesita y sin forzar la gramática, el tipo de valores que se representan: matriz cromática de intensidades, matriz cromática de densidades, matriz cromática de expresión, etc.

Se admiten sugerencias y puntualizaciones.

22 feb. 2019

7 términos 7 que utilizamos mal

Recientemente he enviado a las redes este artículo en el que se explica por qué son incorrectos una serie de términos relacionados con la salud que oímos y leemos con frecuencia. Te  los resumo aquí:
  • carbohidrato, hidrato de carbonoglúcido (palabra de bioquímico).
  • flora intestinal, flora bacterianamicrobiota
  • sistema inmunológico, sistema inmunesistema inmunitario
  • coeficiente intelectual → cociente intelectual
  • severograve, intenso, pronunciado
  • cetosis (aparición de cuerpos cetónicos) ≠ cetoacidosis (exceso de cuerpos cetónicos)
  • apretar el abdomen → trabajar los abdominales
De entrada, bravo por de Vitónica (@vitonica). La otra cara de la moneda la pone la RAE (@RAEinforma), que sanciona como correctos en el DLE y otros diccionarios algunos de los términos erróneos, simplemente por «se usan mucho». Como diría Forges, ¡país!