Cosmos, astros, con sus ciencias y pseudociencias

No es lo mismo astronomía que astrología. Pero ¿qué pasa con cosmogonía y cosmología? ¿Son tan sinónimos como universo y cosmos? ¿Hay sinonimia, polisemia y homonimia entre ellos? Vamos por partes, como las integrales. 

El lexema ἀστῆρ (astḗr) está vinculado con las raíces protoindoeuropeas *ster~/*~stel que significan 'estrella' o 'cuerpo celeste' y llega al latín como stella. De aquí derivan, entre otros, astrología y astronomía. La astrología (del griego ἀστρολογία formado por ἀστῆρ (astḗr) y λόγος (lógos) → ‘compendio’, ‘tratado’, ‘discurso’) estudia la posición y los movimientos de los astros, y su influencia en las personas y los acontecimientos del mundo. Tiene su origen en la Babilonia precristiana y se consolidó en la antigua Grecia. Todos sabemos hoy que no es una ciencia porque se basa en una serie de creencias y supersticiones según las cuales el movimiento de los astros sirve para pronosticar los acontecimientos terrenos.

Los griegos escindieron una parte de la astrología en la astronomía (del latín astronomĭa, y este del griego ἀστρονομία que junta άστρον (ástron) y νόμος (nómos) → 'regla', 'norma', 'orden', 'observación'). Los persas y los árabes medievales la impulsaron, y su auge llegó en el siglo XVII con el descubrimiento del telescopio. Hoy es la rama de la ciencia que tiene por objeto el estudio de los cuerpos celestes (estrellas, planetas, satélites, cometas, asteroides, materia oscura, polvo interestelar...) y las leyes y teorías que rigen el universo.

La astrofísica aborda las propiedades de los astros y cualquier otro objeto del espacio, desde un simple asteroide a nada menos que una galaxia, mediante los métodos y las leyes de la física. Se inició en el siglo XIX con el estudio de los espectros de las estrellas y hoy se centra en aspectos como la composición de los cuerpos celestes a partir de la luz que recibimos de ellos para explicar cómo funcionan y evolucionan tanto el universo como los cuerpos celestes que lo forman.

Los griegos llamaban κόσμος (kósmos) al universo y de ahí que se consideren sinónimos. De cosmos derivan dos cosas muy distintas: cosmogonía y cosmología. La cosmogonía es el conjunto de principios y modelos sobre el origen del universo visto desde el punto de vista filosófico y epistemológico. Está presente en todas las religiones para explicar el origen del universo ligado a elemento mitológicos. En cambio, la cosmología se acuñó en el siglo XVIII para referirse a la concepción global del universo que hoy se aplica a la parte de la astronomía que se ocupa de la dinámica, las estructuras y los modelos sobre el origen del universo. Por último, está el cosmismo, una corriente filosófica rusa iniciada con la última obra de Nikolái F. Fiódorov publicada en 1906 (poco después de su muerte) que trata de explicar la vida, pero también la misión que el hombre tiene para transformarla y perfeccionarla. Se la considera precursora del transhumanismo actual.

Está claro que las líneas divisorias entre todas ellas no son nítidas, pero creo que sí hay dos conclusiones claras:

• Debemos dejar la astrología, la cosmogonía y casi que también el cosmismo fuera de las típicas ciencias.
• La astronomía se resume a la observación de los cuerpos celestes, y abarca tanto la astrofísica (para la mecánica de los componentes del universo) como la cosmología (para el estudio y la evolución del universo como un todo).

Células madre hay más de una

Las células madre (stem cells), células troncales o citoblastos tienen la capacidad de dividirse («proliferación celular») asimétricamente, dado que una célula hija será como la progenitora (autorrenovación) y la otra se diferenciará en una célula especializada. Tienen distinta potencia celular (cell potency, esto es, la capacidad para generar distintos tipos de células), que está en función de la parte del genoma que permanece sellada (genomic imprinting, que no se debe confundir con el silenciamiento génico o gene silencing) normalmente por superenrollamiento. 

Si atendemos a su potencia, se dividen en:

• Totipotentes (totipotent): capaces de formar un organismo entero, desde las tres capas embrionarias y el tejido reproductor a los tejidos extraembrionarios (como la placenta). Ejemplos claros: una espora o un cigoto. Son capaces de autorrenovarse y proliferar sin problemas, y se puede controlar la expresión de todo el genoma.
• Pluripotentes (pluripotent): como las totipotentes, salvo que no consigue formar tejidos extraembrionarios ni, por tanto, el individuo entero. En ellas y las demás células madre, cada vez hay más genoma sellado que no se puede reactivar, lo que limita los tipos celulares que puede regenerar.
• Multipotentes (multipotent): tienen menos capacidad de proliferar y autorrenovarse que las anteriores (o sea, más genoma sellado), aunque la suficiente para diferenciarse en los tipos celulares de su misma capa o linaje embrionarios (epidermis, sistema nervioso y otros procedentes del ectodermo; tejido conjuntivo, muscular u otros procedentes del mesodermo; o los epitelios procedentes del endodermo). Se denominan también tissue-specific stem cells (citoblastos histoespecíficos), así como células progenitoras (progenitor cell) o incluso todo junto: células madre progenitoras multipotentes. Entre las más conocidas están las células madre hematopoyéticas o hemocitoblastos.
• Oligopotentes (oligopotent): solo son capaces de diferenciarse en algunos de los tipos celulares de su mismo linaje, o sea, una especie de multipotentes con limitaciones. Por ejemplo, los mielocitoblastos (myeloid stem cell) y los mielohemocitoblastos (bone marrow stem cells) se diferencian en menos tipos celulares que los hemocitoblastos (que son multipotentes).
• Unipotentes (unipotent): únicamente son capaces de diferenciarse en un solo tipo de tejido. No está claro si existen, porque muchas son realmente bipotentes. En la práctica, es sinónimo de hemoblasto (blast cell) y célula precursora (precursor cell), pero no de célula progenitora, como hemos visto más arriba.

Para muchos autores, son las células multipotentes o progenitoras las que se subdividen en oligopotentes y unipotentes, pero esto es una minucia comparado con el enorme interés que suscitan en la medicina regenarativa. 

Si nos centramos en la procedencia de las células madre, las clasificaremos en: 

• Embrionarias: proceden de la masa celular interna del blastocisto (una fase muy temprana del desarrollo embrionario), por lo que originarán las tres capas germinales; se han logrado mantener en cultivo.
• Perinatales: las que se han encontrado en el líquido amniótico y en la sangre del cordón umbilical; muy útiles, aunque es una lástima que no se puedan usar por la enorme controversia bioética.
• Adultas: las que aparecen en la mayoría de los tejidos de un organismo adulto que se renuevan o regeneran periódicamente cuando acaece algún daño tisular. Aunque prometedoras para la investigación, parecen no ser tan versátiles y duraderas como las embrionarias, además de tener mayor propensión a contener alteraciones genéticas.
• Inducidas o iPS (del inglés induced pluripotent stem cells): gracias a la reprogramación genética artificial de una célula somática diferenciada se ha conseguido generar células madre pluripotentes con su mismo potencial de crecimiento y diferenciación. Por tanto, son tan versátiles como las embrionarias y perinatales, pero sin su controversia. El diseñador de esta técnica, el japonés Shinya Yamanaka, recibió por ello el Nobel en 2012.

Por tanto, célula madre hay más de una.  

El esfuerzo titánico de transcribir algunos genes

TTN es el símbolo oficial del gen cuyo gigantesco marco de lectura de 281 435 pares de bases (pb) contiene nada menos que 365 exones en los humanos. Se transcribe en un monumental mRNA de 109 224 nucleótidos (una vez maduro) que codifican una enorme proteína de 35 991 aminoácidos, que pesará algo más de 3 994 kDa, y que mide nada menos que de 1 a 2 μm. Este coloso proteico se encuentra principalmente en el músculo para darle estructura, flexibilidad y estabilidad, y recibe el nombre de titina (titin) por el dios griego Titán. 

Nos hallamos, pues, ante el gen más largo (281 kpb) de los humanos (y de las otras especies que lo contienen), que se transcribe durante nada menos que de 1 a 4,5 horas (según la polimerasa avance a 1 kb/min o a 6 kb/min) para dar el mRNA más largo conocido (109 kb), que codifica la proteína más grande (~4 MDa) identificada hasta ahora en cualquier especie. Estas marcas tienen un coste: inestabilidad y vida media breve (tan solo 30 horas). No es de extrañar que se le conozcan más de 14 000 variantes alélicas, muchas de las cuales provocan enfermedades, sobre todo cardiopatías. El tremendo número de exones de TTN (365) es fuente de ayuste alternativo (alternative splicing), pero 'solo' genera 13 isoformas de mRNA en los distintos tejidos musculares, que se traducen en proteínas de distinta longitud (entre 5 604 y 35 991 aminoácidos). Todo un rompecabezas.

Contra todo pronóstico, hay genes con más variantes de ayuste (isoformas) que TTN. El premio se lo lleva la molécula de adhesión celular codificada por el gen DSCAM de Drosophila de 63 976 pb con 115 exones. Se transcribe en menos de 10 minutos para dar un mRNA maduro de 'solo' 7,7 kb que codifica una 'proteinilla' de algo más de 2 kDa. Gracias a las alternativas que presenta para 4 de los exones (como se muestra en la figura: 12 × 48 × 33 × 2 = 38 016), es capaz de sintetizar nada menos que ¡38 016 isoformas distintas! Todavía no se han detectado todas.

Vacunas contra enfermedades, pero anticuerpos contra epítopos, antígenos o patógenos

Cuando Edward Jenner ideó la primera vacuna en 1796 contra la viruela, ni se conocía lo que causaba la enfermedad ni se sabía por qué la vacuna nos protegía de la viruela. Hoy sabemos que contenía el virus de la viruela de las vacas, si bien los datos actuales apuntan a que la linfa de Beaugency que se utilizó para producir la vacuna a gran escala por todo el mundo realmente contenía el virus de la viruela del caballo, por lo que sería mejor que habláramos, como sugiere @microBioblog, de equinación en lugar de vacunación. Eso la convierte en el perfecto caso que demuestra que las vacunas nos protegen de una enfermedad, independientemente del antígeno que se use para vacunar. Y eso que, desde los comienzos del siglo XIX, no dejan de aparecer ejércitos de antivacunas esgrimiendo argumentos llenos de mentiras, pero no es de eso de lo que quería a hablar.

La primera idea que se deduce de lo anterior es que las vacunas son contra las enfermedades. También se pueden nombrar con el prefijo anti- yuxtapuesto a un adjetivo derivado de la enfermedad (antigripal pero no antigripe, antirrábica en vez de antirrabia, antiherpética y no antiherpes, antipoliomielítica, pero no antipolio). En la página de vacunas de Medline Plus encontraréis algunos ejemplos. Eso sí, las vacunas nunca son contra el antígeno.

La segunda es que, como parte de la respuesta inmunitaria (immune response), los anticuerpos actúan contra los epítopos de los antígenos que llevan los patógenos (estén o no formulados como vacunas). Al igual que estas, también se pueden nombrar por yuxtaposición del prefijo anti- a un adjetivo derivado del antígeno (antimurínico y no antirratón, antiglucoproteínico y no antiglucoproteína). En ningún caso debe decirse anticuerpo de ni anticuerpo para (antibody to). Finalmente, los anticuerpos nunca son contra la enfermedad.

Así pues, las vacunas contra la enfermedad denominada COVID-19 provocan la aparición de anticuerpos contra el antígeno del coronavirus causante (anticoronavícos), o más en concreto, contra la proteína de la espícula (antiespiculares). Por tanto, tendremos:

• Vacuna contra la COVID-19, pero no contra el coronavirus.
• Vacuna anticovídica, pero no anticoronavírica y mucho menos anticoronavirus.
• Anticuerpos contra el coronavirus, o contra el SARS-CoV-2 o contra la proteína S, pero nunca contra la COVID-19.
• Anticuerpos anticoronavíricos, pero no anticovídicos ni anticovid ni anti-COVID-19.

El sarampión está provocado por un paramixovirus del género Morbillivirus. La vacuna contra el sarampión utiliza el virus atenuado para protegernos al generar anticuerpos contra las glucoproteínas H y F de su superficie.

La gripe (enfermedad) está provocada por el virus de la gripe o influenzavirus, de la familia de los ortomixovirus. La vacuna contra la gripe (o antigripal) induce anticuerpos contra las glucoproteínas H y N que aparecen en la superficie de estos virus.

Y así con todas las vacunas y todos los anticuerpos que existen, sean naturales o biotecnológicos.

No todo son enfermedades

Gracias a los síntomas y los signos (no, no son términos sinónimos), el médico conseguirá diagnosticar una... ¿enfermedad, afección, dolencia, achaque? Vamos a aclarar esto un poco con respecto a los términos que usamos en inglés y español. Pero ya advierto que esto no es una regla unívoca, y que San Contexto y las costumbres nos aportan excepciones para todo.

Symptom, como claramente explica Nuria Viver, es una manifestación patológica subjetiva que sufre un enfermo, por ejemplo, el dolor, el cansancio, las náuseas, la visión borrosa, etc. Es algo que el médico no puede ver. En español usamos síntoma, con lo que no hay problema.

Sign es una manifestación objetiva, como una erupción cutánea, la fiebre o la hinchazón. Es algo que el médico puede detectar aunque no se lo refiera el paciente. Como lo llamamos signo, tampoco es confuso, salvo que confundamos los signos con los síntomas y viceversa, que de todo hay.

Hay casos, como en la COVID-19, en los que no es fácil distinguir un síntoma persistente de una secuela (aftereffects o sequelae), definida como alteración funcional u orgánica duradera o permanente de una lesión o como consecuencia de una enfermedad, un traumatismo o una agresión quirúrgica.

En español tenemos un solo término claro para enfermedad, pero en inglés tienen algunos matices más, como nos contaba Emma Goldsmith recientemente. Vamos a ver qué términos se ajustarían mejor para desambiguar la traducción de manera genérica cuando nos los encontremos en el mismo texto.

Disease es la alteración de una norma biológica objetivable por el médico (la puede ver, tocar, medir, oler...) en la que se pueden determinar signos, síntomas y estructuras o funciones afectadas. Sería el caso, por ejemplo, de una infección o un cáncer. Deberíamos reservar el término enfermedad para traducir disease.

Illness es la experiencia subjetiva del paciente con respecto a su mala salud, sin que a veces pueda diagnosticársele ninguna enfermedad. Podríamos llamarlo padecimiento o dolencia para resaltar la dimensión subjetiva y singular. No obstante, @navarrotradmed nos ilustra en su diccionario muchos casos específicos en los que sí debe traducirse por enfermedad (ya empezamos con las excepciones).

Sickness es la dimensión social, la realidad sociocultural, de enfermar, es decir, lo que otros (desde los familiares hasta el seguro médico) ven del enfermo. Las posibles traducciones genéricas serían mal, o problema de salud, o incluso achaque. Hay que tener cuidado porque en ciertos contextos significa náuseas o vómitos. Para colmo de males, en El Colorao también contiene casos en los que se acaba traduciendo por enfermedad.

Condition: aunque algunos defiendan que es sinónimo de disease, realmente hace referencia tanto a un problema de salud que no tiene que ser patológico ni tampoco requerir una cura (como el embarazo o el prognatismo), por lo que no es una enfermedad. Para no confundirlo con los anteriores, además de huir del calco condición, lo mejor es utilizar afección (cuando es patológico) y estado (cuando no lo es, como el embarazo). También pueden ajustarse en función del contexto alteración, indisposición, e incluso proceso o cuadro clínico.

Disorder: se emplea para los casos en los que lo único que está claro es la función afectada. Debemos traducirlo por trastorno, y nunca por desorden. Seguro que muchos traductores ya lo sabíais, pero leed los periódicos o ved películas y encontraréis mucha gente ordenada con desórdenes de conducta.

Syndrom: se trata de una situación negativa caracterizada por un conjunto de signos o síntomas característico de una... enfermedad, estado o entidad fisiopatológica (Navarro dixit), común a diversas enfermedades, o cuya causa se desconoce. La traducción no deja dudas: síndrome. Lo que deja dudas es el uso erróneo de ella que a veces hacen algunos profesionales al considerarla sinónimo de los términos anteriores. A eso se une que, a medida que se avanzan las investigaciones, muchos síndromes se rebautizan como enfermedades cuando se descubre su causa, lo que añade más leña al fuego (los casos más conocidos son el síndrome de Down y el sida, que ya se sabe que son enfermedades y no síndromes, aunque no se les cambie el nombre).

Gracias a Trans litteras por la inspiración, al diccionario de Fernando Navarro (@navarrotradmed) en @cosnautas, y al Diccionario de Términos Médicos.

Fosfano mejor que fosfina

Se acaba de encontrar un compuesto encontrado en Venus que podría indicar que hay vida microbiana. Quiero resaltar, entre tantos, este excelente artículo de Carlos Briones donde dice textualmente

    la detección de fosfano (la molécula PH₃, coloquialmente conocida como fosfina)

porque usa en su artículo «fosfano» cuando casi en los medios de comunicación lo nombran «fosfina». ¿Cuál es el nombre correcto? 

La Wikipedia en inglés (pero no en español ni en el resto de los idiomas patrios) dice que el nombre de la fosfina es fosfano según la IUPAC. Esto no quiere decir que la gente lo llame de una manera y la IUPAC de otra, sino que los hoy conocidos como hidruros (hydride) han sufrido muchos cambios de nombre y este es el último (desde 2005). 

El cambio de nomenclatura, que queda recogido en el apartado IR-6 del libro rojo de la química inorgánica (no lo confundáis con El Colorao de @navarrotradmed) para resolver el problema que no se pueden obtener derivados semánticos de los nombres funcionales. A modo de ejemplo:

• El ácido clorhídrico, cloruro de hidrógeno o hidruro de cloro (HCl) se llamará clorano (chlorane). 
• El H₂S que, en vez de llamarse ácido sulfhídrico o sulfuro de dihidrógeno, se llamará sulfano (sulfane). 
• El trihidruro de antimonio (SbH₃), que antes se llamaba estibina, debe llamarse estibano (stibane). 
• El trihidruro de arsénico (AsH₃) tampoco debe llamarse más arsina, sino arsano (arsane).
• El tetrahidruro de carbono (CH₄) debería llamarse carbano, pero es el único que se sigue aceptando con el nombre tradicional de metano.

Y muchos casos más que se cuentan en el apartado 6.3 de mi libro y en la página 85 del libro rojo cuya imagen parcial cierra esta entrada. En el caso que nos ocupa, el PH₃ de nombre funcional trihidruro de fósforo, ya no debe llamarse pues fosfina, sino fosfano (phosphane). Bebiendo de otras fuentes, la @Fundeu también ha indicado lo mismo (y a la vez).

Según la misma propuesta de la IUPAC, el amoníaco (NH₃) debería llamarse azano (azane) y el agua (H₂O) oxano (oxane), pero solo recomienda estos nuevos términos para formar derivados por nomenclatura sustitutiva.

Por qué en unos casos el H va delante y en otros va detrás es cuestión de electronegatividad, y sobrepasa el alcance de este blog (por ahora).

La integridad de la integral

El símbolo de integración matemática ∫  (con diferencias entre el inglés, alemán y ruso, como se observa en la imagen adjunta) procede de la letra S latina inicial del término latino summatio (suma) que Gottfried Wilhem Leibniz  (1646-1716) había utilizado en un manuscrito de 26 de octubre de 1675 para representar las omnes lineae de Bonaventura Cavalieri (1598-1647). Cavalieri, discípulo de Galileo Galilei, es el autor del primer trabajo conocido sobre los métodos de integración de los números infinitesimales (que Cavalieri denominaba indivisibles). Consideraba que un área plana era la suma de los indivisibles, que eran las líneas que la componían (las omnes lineae). John Wallis (1616-1703) intentó convertir la visión geométrica de Cavalieri en una visión más aritmética, y le llevó, entre otras cosas, a introducir el símbolo ∞ para infinito.

El cálculo infinitesimal de Newton estaba influido por la geometría, y quizá por eso el de Leibniz, puramente algebraico, acabó imponiéndose y enseñándose (es el que hemos aprendido todos en el instituto), aunque al principio lo tacharon de plagiador de Newton. Este cálculo tiene sus dos grandes patas en las diferenciales (calculus differentialis; derivadas en la terminología de Newton) y las integrales (calculus integralis), y fue presentado por Leibniz en 1984 en un artículo en Acta Eruditorum y posteriormente desarrollado en 1686 en otra contribución en la misma revista.

Hay proteínas dúctiles (sin estructura fija)

La estructura de las proteínas no es una propiedad tan homogénea o universal como se pensaba. A finales del siglo pasado se comprobó que algunas, lejos de tener una estructura definida, son flexibles y muy maleables. Abundan más de que lo imaginábamos, pues constituyen casi un tercio de las proteínas celulares. Esta plasticidad les confiere propiedades cruciales para su funcionamiento en el ciclo celular, en la señalización celular y en la regulación. Además, seguro que desempeñan una función decisiva durante la formación de los organismos multicelulares, la evolución y la adaptación a condiciones ambientales adversas.

Sin embargo, no todo son ventajas. La falta de definición en la organización estructural o el plegamiento hace que acaben agregándose y acumulándose. Esta disfunción las relaciona con enfermedades como el cáncer, el alzhéimer, el párkinson, la esclerosis lateral amiotrófica (ELA), las enfermedades cardiovasculares, la diabetes de tipo II y algunas enfermedades infecciosas.

En inglés reciben el nombre de IDP, por intrinsically disordered proteins, que no es correcto traducirlo por proteínas intrínsecamente desestructuradas ni por proteínas intrínsecamente desordenadas porque no es que carezcan de estructura, sino que no necesitan adquirir un plegamiento concreto para realizar su cometido. Me inclino por recomendar la traducción que Inmaculada Yruela Guerrero, investigadora en la Estación Experimental de Aula Dei del CSIC y experta en el tema, ha propuesto para hablar de ellas en el título de su libro: proteínas dúctiles.

No debemos confundir las proteínas dúctiles (que tienen muchas estructuras sin que varíe la secuencia) con los polimorfismos (mutaciones que cambian un aminoácido de la proteína que ocasionan cambios ligeros de la estructura). Lo digo porque lo que impide hacer vacunas duraderas contra los virus de RNA (RNA virus) como el VIH, los virus de las hepatitis A, C, D y E, el virus de la gripe y el SARS-CoV-2  (que en estos días nos mantiene en confinamiento) son los polimorfismos, no la ductilidad de sus proteínas.

COVID-19 es femenino, queridos míos

Estamos inmersos en una pandemia causada por un virus de nombre coronavirus 2 del SRAG (SARS-CoV-2). Por tanto, es lógico citarlo como el (virus) SARS-CoV-2 o simpliciarlo a el coronavirus. Está estrechamente emparentado, como su nombre indica, con el que provoca el SRAG (síndrome respiratorio agudo grave, SARS en inglés), pero no es la misma enfermedad. Por eso, y para que pueda pronunciarse casi en cualquier idioma y no aluda a una localización geográfica específica, ni a un animal, ni a ningún grupo de personas, la OMS ha decidido el 11 de febrero de 2020 denominarla coronavirus disease 2019 y abreviarla con «CO» (coronavirus), «VI» (virus), «D» (disease) y 19 por el año del brote: COVID-19. Se traducirá como enfermedad por coronavirus de 2019. Dado que también se puede denominar (CO)rona(VI)rosis (D)e 2019, el acrónimo se puede dejar intacto, ya que cambiarlo por ECOV-2019, ECV-2019 o covi 2019 a estas alturas no va a ayudar en nada. Para nombrarla con propiedad usaremos la COVID-19, porque núcleo sintáctico principal es el sustantivo femenino disease → enfermedad.

Si todos mantuviéramos esta diferencia de género entre el virus y la enfermedad, evitaríamos que muchos llamen al virus por el nombre de la enfermedad, porque la COVID-19 está provocada por el SARS-CoV-2. La COVID-19 es una enfermedad, no un virus.

Dije que por ahora usamos COVID-19, pero sería buena idea que intentemos traducir su nombre, igual que hicimos con el AIDS → sida y el SARS → SRAG. Podemos usar la enfermedad por coronavirus de 2019 (ECOV-19), o bien la neumonía coronavírica de 2019, e incluso crear un neologismo: la coronavirosis de 2019.

PD: gracias a la Fundéu, Bertha Gutiérrez, Gustavo Silva, Álvaro Villegas y Óscar por inspirar los últimos añadidos traductoriles y ciertas correcciones.

JAK no es otra cinasa más

Las JAK son una familia de tirosina cinasas intracelulares que intervienen (y dan nombre) a la vía JAK-STAT de transducción de la señal de las citocinas (cytokines). Al no tener función receptora, se asocian a uno de los receptores membranarios de citocinas (véase la figura del final).

Su nombre procede de una gracieta en inglés, just another kinase, debido a que se encontraron en un escrutinio masivo de cinasas por PCR. Luego se renombraron como Janus kinases (cinasas Jano, mejor que cinasas de Janus o Janus cinasas) en referencia a Jano, el dios romano de las puertas, los comienzos, las transiciones y los finales. Pero no le dieron este nombre por desencadenar la vía JAK-STAT, sino por la inesperada característica de que su actividad cinasa dependía de dos dominios (véase el esquema de la derecha), que asimilaron a las dos caras de Jano.

Puesto que la K de JAK viene de kinase, no parece acertado hablar de las cinasas JAK, del mismo modo que no debemos hablar de las reacciones de PCR.

Pipeline: un tipo de workflow

Muchos asociarán pipeline con tubería, oleoducto, o incluso con una cartera de productos medico-farmacéuticos en fase de desarrollo. Pero en el entorno (bio)informático, pipeline se utiliza en sentido figurado para indicar un código informático en el que los datos pasan secuencialmente por una serie de procesos (programas, órdenes, métodos, funciones...), como un chorro (stream) de información, hasta completar toda la tarea (task). Las peculiaridades de cualquier pipeline son:

• cada uno de los procesos es autónomo, es decir, se puede ejecutar fuera del pipeline;
• los procesos están encadenados, de manera que la salida de uno es la entrada del siguiente;
• el encadenamiento es lineal (sin ramificaciones) y unidireccional (cual chorro de agua por una tubería; supongo que ya habréis captado la metáfora).

Por tanto, debemos considerar que pipeline es un caso concreto de flujo de trabajo (workflow) en el que los procesos se ejecutan de manera lineal, unos detrás de otros, sin ramificar, y sin recursividad ni vuelta atrás. Tanto unos como otros se representan en diagramas de flujo (flowcharts) como el que acompaña a esta entrada.

El origen de pipeline está en el signo | (pipe) del unix, que el sirve para encadenar distintas órdenes (commands) en las que proceso n no empezará hasta que haya acabado el n – 1:
  $ proceso 1 | ... | proceso n-1 | proceso n | proceso n+1 | ... | proceso final
De ahí que, cuando se traduce, se utilicen con frecuencia los términos tubo o tubería. No vería con malos ojos el neologismo «tubulación». Sin embargo, yo creo que son más apropiados canalización, concatenación o encadenamiento porque se pueden calificar con los adjetivos computacional o informático cuando sea necesario, y se pueden convertir en verbos (canalizar, concatenar, encadenar) o en adjetivos (canalizado, concatenado, encadenado). En cambio, de tubo, tubería y tubulación tenemos el adjetivo tubular, pero no hay verbo (tubulacionar sería un sesquipedalismo innecesario).

Si lo que queremos es innovar, traduzcamos el término pipe (canal) por el sufijo -ducto para acuñar neologismos, como informoducto o computaducto, que no existen en la web. Se admiten sugerencias de todo tipo.

Espero que, de paso, se os aclaren los problemas conceptuales del tándem pipeline workflow (flujo de trabajo canalizado/concatenado/encadenado) y que ambos términos no son sinónimos ni de lejos.

Matriz cromática: el heatmap de los biólogos moleculares

Heatmap (o heat map), en el sentido de cualquiera de las representaciones que ilustran esta entrada, no ha tenido traducción en el ámbito de la biología molecular y la bioinformática porque en muchos idiomas hemos optado por usarlo en inglés. Pero vamos a hacer un esfuerzo, con la inestimable ayuda de los compañeros de @tremedica, en especial @navarrotradmed y @Jose_m_montero.

Si alguien está pensando en traducir heatmap por termografía (thermography), que sepa que ya tiene su propio significado y no conviene montar polisemias. En este campo, termograma suele utilizarse para la imagen obtenida con un termógrafo. Aunque termografía según el DLE sea sinónimo de termograma, muchos especialistas consideran la termografía una técnica, no un resultado gráfico.

Además, ¿debe heat traducirse por calor o temperatura cuando lo que se representan son intensidades, actividades, densidades, etc. en una gama de colores? Pues igual no, y la traducción por «de color/es», el adjetivo «cromático» o incluso el prefijo «cromo-» parecen más acertadas.

Con respecto al map, no parece un mapa en el sentido del término en español. Tampoco me parece apropiado llamarlo gráfico porque suele estar más asociado a una representación cartesiana. Se le podría llamar distribución e incluso diagrama, aunque este último queda descartado porque los diagramas cromáticos ya están bien asentados en el campo de la física desde 1931 y no son como los adjuntos a esta entrada. Tampoco podemos usar cromograma porque ya es polisémico (chromogram y kromogram) en la fotografía. Y mucho menos cromatograma (chromatogram), íntimamente ligado a la cromatografía.

La traducción más ajustada será matriz cromática, que no parece tener uso en ningún campo concreto. Tiene la ventaja de que la definición matemática de matriz se ajusta muy bien y ya se ha empleado en otras cosas de aspecto parecido: las micromatrices (microarray o DNA chips). Además, cuadra muy bien con la definición que ofrece la Wikipedia (a heatmap is a graphical representation of data where the individual values contained in a matrix are represented as colors), o sea, que sirven para representar con colores los valores de una matriz. Deben incluir la clave de colores (color key) para los valores representados, que suele ir del rojo al verde pasando por el negro, del rojo o amarillo al azul pasando por el blanco, o cualquier otra gama de tres o más colores.

Por tanto, ¿habrá mejor denominación que matriz cromática? Por lo dicho más arriba, lo prefiero a «matriz de colores», pero no me preguntéis el motivo por el que no veo claro «cromomatriz», a pesar de que la considere más apropiada que «matriz térmica».

Otra ventaja de «matriz cromática» es que nos permite especificar, si el contexto lo necesita y sin forzar la gramática, el tipo de valores que se representan: matriz cromática de intensidades, matriz cromática de densidades, matriz cromática de expresión, etc.

Se admiten sugerencias y puntualizaciones.

7 términos 7 que utilizamos mal

Recientemente he enviado a las redes este artículo en el que se explica por qué son incorrectos una serie de términos relacionados con la salud que oímos y leemos con frecuencia. Te  los resumo aquí:

• carbohidrato, hidrato de carbono → glúcido (palabra de bioquímico);
• flora intestinal, flora bacteriana → microbiota, que ya tratamos en este Nanoblog;
• sistema inmunológico, sistema inmune → sistema inmunitario;
• coeficiente intelectual → cociente intelectual;
• severo → grave, intenso, pronunciado;
• cetosis (aparición de cuerpos cetónicos) ≠ cetoacidosis (exceso de cuerpos cetónicos);
• apretar el abdomen → trabajar los abdominales.

De entrada, bravo por de Vitónica (@vitonica). La otra cara de la moneda la pone la RAE (@RAEinforma), que sanciona como correctos en el DLE y otros diccionarios algunos de los términos erróneos, simplemente por «se usan mucho». Como diría Forges, ¡país!

No confundas conformación con configuración

Si tenemos dos moléculas con los átomos enlazados de la misma manera, pero sabemos que son diferentes (como los limonenos de la imagen), se dice que son estereoisómeros. Los hay de dos tipos: conformacionales (interconvertibles por rotación de los enlaces químicos) y configuracionales (interconvertibles por rotura y formación de enlaces). Así que conformación y configuración no son términos sinónimos.

La conformación alude a la disposición de los elementos que componen un conjunto, por lo que de ella depende la forma final de la molécula. Dicho aspecto surge de la rotación de átomos y grupos atómicos alrededor de cada enlace simple. Por eso suele ocurrir con rapidez, lo que no excluye la existencia de algún impedimento energético o estérico que dificulte o incluso impida los movimientos. Como ejemplos, tenemos el intercambio entre las conformaciones sin/anti de los nucleótidos, o bote/silla y endo/exo para los glúcidos.

Como la configuración electrónica hace referencia a la distribución de los electrones de un átomo en orbitales s, p, d, f, etc., la configuración (que a veces se acompaña del adjetivo «estérica» o «espacial» para diferenciarla de la electrónica) se refiere a la estructura química permanente de una molécula en función de la disposición tridimensional de los átomos o los radicales unidos a un centro quiral o asimétrico. Lo más importante es que para cambiar de configuración hace falta romper enlaces químicos, mientras que no se rompía ninguno cuando se cambiaba de conformación.
Por lo tanto, el paso de una configuración cis a trans, de Z a E y de R a S (sí estas tres parejas se escriben en cursiva) implica la rotura de un enlace. Lo mismo ocurre con las configuraciones D y L (estas no van en cursiva, como mucho en versalita) de los glúcidos. Se consideran estereoisómeros configuracionales los enantiómeros (enantiomers) y los diastereómeros (diastereomer) —también denominados diastereoisómeros (diastereoisomers), pero no es etimológico el término ^⊗diasterómero (^⊗diasteromer)—.

Genómica nutricional, nutrigenética y nutrigenómica

Los términos nutrigenética y la nutrigenómica a menudo se confunden o se utilizan indistintamente de manera errónea, porque son dos caras de la misma moneda, como se observa en la figura adjunta. La «moneda» se denomina genómica nutricional (nutritional genomics) y engloba los estudios que buscan las relaciones entre el genoma humano, la nutrición (alimentación) y la salud.

La nutrigenómica (nutrigenomics) estudia cómo afecta lo que comemos (bien sean los nutrientes, los alimentos en sí, o incluso los suplementos alimenticios) a la expresión de los genes y, en consecuencia, a la salud de la persona. Con ello se persigue la personalización de la dieta en función del genotipo, puesto que cada persona responde de manera diferente a los alimentos debido que su genotipo es diferente al de las demás personas. Un ejemplo sería el estudio de cómo responde la salud cardiovascular o la obesidad de una persona según la cantidad de grasas de la dieta.

Por su parte la nutrigenética (nutrigenetics) estudia el efecto que tienen las diferencias genéticas (polimorfismos) sobre la absorción, el transporte, la metabolización y la eliminación de nutrientes, toxinas y alimentos. Dicho en pocas palabras, pretende prever cómo responderá una persona a los nutrientes ingeridos en función de sus variantes genéticas. Se podría determinar así cuál es la ingestión ideal de calorías, vitaminas y otros nutrientes para cada individuo (no todos tenemos las mismas necesidades nutricionales porque no todos tenemos el mismo genotipo). Por ejemplo, si la persona presenta determinadas mutaciones de la fenilalanina—hidroxilasa, su dieta deberá contener poco o nada del aminoácido fenilalanina.

El resultado común de los estudios de genómica nutricional es la elaboración de una dieta personalizada para prevenir enfermedades y gozar de la mejor salud posible.

Clorhidrato ha muerto: ¡viva hidrocloruro!

Seguro que muchos estudiamos que había en química un grupo de ácidos, denominados ácidos hidrácidos (binary acids o hydracids), que se formaban cuando ciertos gases se disolvían en agua. Entre ellos estaban el ácido sulfhídrico, el ácido yodhídrico y el que nos ocupa: el ácido clorhídrico (HCl; hydrochloric acid). Cuando se forma una sal al reaccionar con una base (que en lo que se llama en farmacología una sal por adición de ácido), se le añadía el sufijo -ato (-ate en inglés), por lo que tenía sentido etimológico que sal del ácido clorhídrico se denominara clorhidrato (chlorhydrate, que proviene del francés). Todo esto se considera nomenclatura tradicional.

Sin embargo, en la nomenclatura sistemática se prefiere agruparlos como hidruros no metálicos de carácter ácido, ya que el término ácido debe reservarse a las moléculas con al menos tres átomos de los que uno debe ser oxígeno. Estos hidruros, los antiguos ácidos hidrácidos, están formados por un átomo de hidrógeno y un no metal del grupo 17 (halógenos) o del grupo 16 (anfígenos: azufre, selenio y telurio) y se nombran con la adición de la terminación -uro (-ide en inglés) a la raíz del no metal seguido por «de hidrógeno». Por ejemplo,

• HCl: ya no es ácido clorhídrico, sino cloruro de hidrógeno (hydrogen chloride).
• H₂S: ya no es ácido sulfhídrico, sino sulfuro de dihidrógeno (hydrogen sulfide [sulphide solo en UK]).
• HI: ya no es ácido yodhídrico, sino yoduro de hidrógeno  (hydrogen iodide).
• H₂Te: ya no es ácido telurhírico, sino telururo de hidrógeno (hydrogen telluride).

La consecuencia principal es que los hidrohaluros que se obtienen de la reacción de un haluro de hidrógeno ya no pueden acabar en -ato al no ser ácidos, por lo que han de acabar en -uro, aunque formen las sales por adición de ácido. Por tanto, la sal del HCl será hidrocloruro (hydrochloride), y no clorhidrato.

Que conste que esta explicación no es más que una mera simplificación de una historia más compleja de lo que parece.

Los metros esdrújulos

La mayoría de las unidades con más de una sílaba son palabras llanas que, cuando se les añade un prefijo múltiplo y submúltiplo, mantienen acento en la misma sílaba de la palabra base, por lo que siguen siendo llanas (o agudas, cuando la unidad es un monosílabo). A modo de ejemplo, tenemos mililitro, kilogramo, kilodalton, nanosegundo, miliamperio, micromol, kilojulio, kilovatio, milivoltio, y prácticamente todos los derivados de unidades.

En cambio, con el metro tenemos una excepción al proceder del griego μετρος (metron, que a su vez procede de μέτρον → medida). Por mucho que metro sea una palabra llana, sus múltiplos y submúltiplos se convierten en palabras esdrújulas: kilómetro, milímetro, nanómetro o picómetro, por citar unos pocos. No es ninguna anomalía, porque también son esdrújulos, sin excepción, todos los términos que acaban en -metro: acelerómetro, alcoholímetro, barómetro, colorímetro, cronómetro, diámetro, escalímetro, frecuencímetro, hexámetro, interferómetro, manómetro, ojímetro, parámetro, pulsómetro, ratímetro (que no mide los ratitos, sino las ratas), termómetro, taxímetro, udómetro, y un largo etcétera.

Gracias a @RAEInforma por aportar la información necesaria y a Pilar Comín (@alcancuz) por suscitar la duda.

Imprecisión e inexactitudes

Precisión y exactitud son dos términos muy diferentes que se suelen usar indistintamente mal:

• La exactitud (accuracy) se refiere la concordancia entre una medición y el valor verdadero. Como se ve en la parte izquierda de la figura de arriba (procedente de este artículo de Nature), si hay exactitud, los distintos valores de la media calculados serán prácticamente idénticos.
• La precisión (precision) se refiere a la concordancia entre distintas mediciones, esto es, si los datos usados para calcular un valor están cercanos unos de otros, o si, por el contrario, están muy dispersos (imprecisión). Queda reflejado en el valor de la desviación típica: cuanto más preciso, más pequeña será la desviación.

En otras palabras: la exactitud hace referencia a la diferencia existente entre el valor real y el experimental, mientras que la precisión debe utilizarse para ilustrar la capacidad de medir correctamente dicho valor.

Ya no tienes excusa para confundirlos, y menos después de contemplar la siguiente figura:

de la que se deduce que tenemos las cuatro combinaciones posibles entre ambos términos.

Los derivados del benceno son... de lo que no hay

Cuando se usa un nombre común para un compuesto orgánico (agua, amoniaco, acetona, benceno) aparecen problemas muy serios a la hora de nombrar los derivados que se forman a partir de ellos porque se obtienen denominaciones sin ninguna lógica y su traducción acaba siendo un laberinto muy agobiante, sobre todo para el inexperto.

Uno de los casos más horrorosos lo encontramos en los derivados del benceno (benzene), nombre común de una molécula de fórmula C₆H₆ que se denomina ciclohexatrieno (cyclohexatriene). En la figura adjunta aparecen ciertos derivados fáciles de traducir, así que vamos a intentar aclarar (o enlodar, según se mire) el follón de los derivados del benceno que sí son difíciles de traducir:

• Cuando el benceno forma un radical, lo lógico hubiera sido llamarlo bencenil o bencil, pero no, se denomina fenil (phenyl), cuya fórmula es C₆H₅·.
• Entonces, ¿a qué hace referencia bencil (benzyl)? Pues al radical del metilbenceno (más conocido como tolueno), de fórmula C₆H₅-CH₂·
• ¿Qué es entonces el benzil, así con i latina en inglés en lugar de ye? Pues la 1,2-difeniletano-1,2-diona, también conocida por difenilglioxal o bien dibenzoílo, de fórmula C₆H₅-CO-CO-C₆H₅.
• De lo anterior deducimos que el dibenzoílo no son dos moléculas de benzoílo (benzoyl), porque éste no es más que el radical, de fórmula C₆H₅-COO·, del ácido benzoico (C₆H₅-COOH).
• ¿En qué se diferencian entonces el benzoílo del benzoato (benzoate)? En que el benzoato es el anión, de fórmula C₆H₅-COO^–, del ácido benzoico que acabamos de nombrar antes.
• Contra todo atisbo de intuición, cuando juntamos dos moléculas de benzoílo no obtenemos un dibenzoílo, sino peróxido de benzoílo, de fórmula C₆H₅-CO-O-O-CO-C₆H₅.
• Ya solo me queda darme un buche de fenol (phenol), C₆H₅-OH, que es el el alchol del benceno y que podría haberse llamado, bencenol, pero no.

Traducción de las enzimas polipalábricas (y IV): cuando consta de 3 o más palabras

Resumiendo las entradas I, II y III: tenemos que procurar que la traducción del nombre de una enzima no lleve espacios. Hemos visto que podemos sustituirlos por una raya (—), dos puntos horizontales (··) o un guion bajo (_). Los dos primeros quedan raros cuando uno de los compuestos que forman el nombre de la enzima consta de dos palabras (óxido—nítrico—sintasa, óxido··nítrico··sintasa), mientras que el guion bajo vale igual para un roto que para un descosido (óxido_nítrico_sintasa).

El problema más problemático surge cuando el nombre de la enzima tiene tres palabras o más, o cuando alguna de las palabras no es un compuesto químico. Los habrá que encuentren en el guion bajo su panacea, y sustituyan todos los espacios por este signo para seguir manteniendo el nombre de la enzima como una única palabra acabada en -asa. Pero vamos a ver que la traducción directa no siempre vale, y que debemos pasar a la traducción gramatical, que se debió utilizar desde el principio de los tiempos bioquímicos en español:

• Nitric oxide synthase → sintasa del óxido nítrico.
• Carbonic anhydrase → anhidrasa carbónica; carbónica_anhidrasa es raro, raro, raro.
• Acid phosphatase → fosfatasa ácida, porque ácido_fosfatasa queda también rarísimo.
• SP6 DNA polymerase → DNA—polimerasa de(l fago) SP6, o bien polimerasa de DNA del fago SP6; SP6_DNA_polimerasa y no decir nada es lo mismo (solo lo entenderán los expertos que ya saben su significado en inglés).
• T4 polynucleotide kinase → polinucleótido—cinasa de T4, o bien cinasa de polinucleótidos del fago T4.
• Electron-transferring-flavoprotein dehydrogenase → deshidrogenasa de la flavoproteína transferidora de electrones. Si alguien encuentra algo mejor, que me lo diga.
• Long-chain-fatty-acid—CoA ligase → ligasa de CoA a ácidos grasos de cadena larga.

Espero que con estos ejemplos ya encuentres una solución para esa enzima rara que te traes entre manos.