Proteocosas sinónimamente distintas

A veces, los científicos nos complicamos la vida y, sobre todo, se la complicamos a los traductores. Aquí voy a tratar de explicar los diferentes sinónimos de «proteína» tanto cuando funciona de sustantivo como de adjetivo.

Proteína, polipéptido, péptido, oligopéptido: Son sinónimos, pero con matices respecto a su tamaño sobre los que no existe común acuerdo.

• Péptido y oligopéptido son prácticamente sinónimos, y hacen referencia a una cadena de aminoácidos pequeña (para unos, «pequeño» es hasta 10 aminoácidos, y para otros hasta 30).  No faltará quien diga que un oligopéptido es más pequeño que un péptido, o lo contrario. Apuesto a que esa misma persona dirá que «decodificar» no es sinónimo de «descodificar».
• Polipéptido se usa cuando el péptido es un poco más grande (tampoco está marcado el umbral para «grande», y dependerá de lo que hayamos definido para «pequeño»), aunque desde el punto de vista etimológico no deja de ser raro que que un polipéptido esté formado por varios péptidos, ya que lo correcto es que esté formado por varios aminoácidos. 
• Proteína es el nombre genérico para cualquier cadena de aminoácidos; normalmente se reserva para polipéptidos muy grandes (claro, claro, tampoco hay límite entre «grande» y «muy grande») y, sobre todo, para las que están compuestas por varias cadenas polipeptídicas, como la insulina o la hemoglobina. Los más viejos del lugar incluso conocerán los prótidos, que es un sinónimo estricto y arcaico de proteína. Huid de las web y los libros que usen el término «prótido» como huiríais de una que os hable de la fuerza vital o de la generación espontánea.

Mención aparte merecen las poliproteínas, que es una proteína precursora, inactiva, que se escinde en varios péptidos/polipéptidos/proteínas activas. Normalmente son de origen vírico.

Proteínico, proteico, proteináceo: Son los adjetivos sinónimos derivados del sustantivo proteína con más o menos acierto. Si descartamos que «proteico» también puede referirse a algo relacionado con el género de bacterias Proteus, vemos que el DLE no recoge proteinaceo (proteinaceous) al contener ya dos sinónimos estrictos en proteínico y proteico, mientras que el Merriam-Webster remite a proteinaceous cuando pides proteinic o proteic. A buen entendedor...

Proteasa, proteinasa, peptidasa: Son tres formas de denominar la misma actividad enzimática, que consiste en romper un enlace peptídico entre dos aminoácidos que forman parte de una cadena (poli)peptídica. La diferencia entre proteasa y proteinasa no es más que lingüística, en función de qué usar como raíz de la palabra proteína. Para los perfeccionistas, a diferencia de la proteasa/proteinasa (cuyos códigos EC están todos en el margen 3.4.2x.x), la peptidasa libera tras su acción aminoácidos o bien péptidos muy pequeños; la mayoría de sus EC son 3.4.x.x, excepto dos que son 2.3.2.x, y otros dos 3.5.1.x.

Traducción de las enzimas polipalábricas (III): el guion bajo se lleva la palma

En la segunda entrega propuse como alternativa la raya — para sustituir los espacios en blanco cuando las enzimas están formadas por varias palabras. El objetivo era que la enzima forme una única palabra para no transgredir las normas gramaticales del español al ponerle artículos y otros modificadores. En esta tercera parte veremos que no solo se puede usar la raya, sino que también podríamos usar otras dos alternativas:

• El punto doble horizontal (··) que sale pulsando May-3 dos veces. Es una propuesta de Fernando A. Navarro para unir el nombre del compuesto a la actividad enzimática. Tiene la ventaja de que es fácil de sacar con el teclado y no tiene ningún otro uso reconocido.
• El guion bajo (_), cuyo único uso no reconocido es el de unir las distintas palabras del nombre de un fichero en informática. La ventaja es que, para las enzimas, podemos darle el mismo uso que le dan los informáticos. El problema es que no proporciona la misma legibilidad que el punto doble horizontal o la raya.

Con estas alternativas, las enzimas mencionadas hasta ahora quedarían como:

• la proteína-tirosina··cinasa
• la proteína-tirosina_cinasa
• la hidroximetil-glutaril-CoA··reductasa
• la hidroximetil-glutaril-CoA_reductasa
• la 2-hidroxi-3-oxoadipato··glioxilato-liasa
• la 2-hidroxi-3-oxoadipato_glioxilato-liasa
• la UDP-glucosa—hexosa-1-fosfato··uridililtransferasa
• la UDP-glucosa—hexosa-1-fosfato_uridililtransferasa
• la UDP-glucosa_hexosa-1-fosfato_uridililtransferasa

El único criterio que tenemos por ahora para elegir unos u otros es la legibilidad.

Pero los dos puntos tampoco resuelven el problema de la nitric oxide synthase y presenta los mismos problemas que la raya: «óxido nítrico··sintasa» sigue teniendo un espacio. Por el mismo motivo, tampoco arregla el de la gamma-L-glutamyl-butirosin B gamma-glutamyl cyclotransferase.

En cambio, el guion bajo sí que puede resolverlos, porque a nadie le llamaría la atención negativamente que pongamos la óxido_nítrico_sintasa, y tampoco extrañaría lo de γ-L-glutamil-butirosina_B_γ-glutamil_ciclotransferasa. Otra cosas es que nos 'guste' su aspecto.

Por tanto, la raya — y el punto doble ·· son casi equivalentes, pero lo que sí que serviría para sustituir todos los espacios sería el guion bajo _. Es más, el guión bajo permitiría mantener la traducción calcada de las enzimas, como veremos próximamente, y que ni la raya ni el punto doble permiten.

Ya solo te queda la última parte.

Emitología de colonoscopia

Según reza en las crónicas de la conquista de América escritas por Fray Joan de Viscasillas, recientemente descubiertas en el Castellar d'Indies de Sant Cebrià de Vallalta, estaba Colón un día paseando por los manglares cuando observó que unos indígenas parecían estar difrutando de forma inusual. Corroído por la curiosidad, Colón se acercó sigilosamente y vio que los indígenas se estaban introduciendo una banana por el lugar donde la espalda pierde su casto nombre, y que esto les parecía placentero. De vuelta a su camarote, Colón puso rápidamente en práctica lo observado y cuál no sería su adicción, que el resto de los marineros acabaron dándose cuenta de los manejos de su almirante. Averiguaron de dónde había sacado la idea, y se dirigieron a los indígenas para informarles de que Colón os copia. La información circuló desde entonces de boca en boca hasta que, 500 años después y por los usos del idioma, las palabras pronunciadas por los marineros se fundieron en una (colonoscopia), que es la que se utiliza para la exploración visual del intestino grueso.

Algunos se creen muy listos cuando defienden que colonoscopia procede del griego κόλον ('colon') con el sufijo también griego -σκοπία ('inspección', 'examen visual'); esta emitología no tiene sentido porque los griegos aún no habían descubierto América.

Bioinformática y biología computacional (y biocomputación)

Ningún científico duda de que la bioquímica (biochemistry) es diferente a la biología molecular (molecular biology), y de que ésta tampoco es lo mismo que la biología celular (cell biology). Por tanto, a nadie extraña que la biología celular y molecular (molecular cell biology) sea simplemente una fusión de áreas de conocimiento y no un nuevo campo de conocimiento.

Pero no siempre está así de claro: ya vimos que existen dudas entre la farmacogenética y la farmacogenómica, y lo mismo ocurre entre la bioinformática (bioinformatics) y la biología computacional (computational biology).

Para intentar dejar las cosas más claras, el 17 de julio de 2000 se reunieron miembros del BISTIC Definition Committee y otros expertos para generar un documento de consenso donde se define lo que son estos dos campos. Ya os aventuro que la distinción es muy sutil, y seguramente ajena a cualquiera que no esté en el campo. Por eso os sugiero que cualquier traducción distinga entre ambos términos, bioinformática y biología computacional, porque veréis una gran cantidad de cursos, libros, revistas, congresos, másteres, etc., que llevan el título de Bioinformatics and Computational Biology (más de 384.000 gugleces en junio de 2016).

La cosa va a peor, porque empiezan a aparecer nuevos términos para añadir más matices subliminales: biocomputation/biocomputing (biocomputación), biological computation (computación biológica), biomolecular computation (computación biomolecular), cheminformatics/chemioinformatics/chemoinformatics (quimioinformática), y lugares donde se empieza a matizar diferencias no más gruesas que un papel de fumar delgado, como en esta página.

Así que yo procuraría no simplificar por ahora todo este galimatías, hasta que esta nueva ciencia biocomputomoleculoinformática empiece a dejar bien claras las diferencias y las similitudes. Igual lo ven nuestros nietos.

Traducción de las enzimas polipalábricas (II): nos acercamos a una solución

En la primera parte presenté los dos principales problemas de la traducción de las enzimas: las transgresiones gramaticales y los problemas de comprensión. Vamos a empezar con algunas soluciones.

La alternativa clarificadora que más me gusta consiste en unir las palabras mediante la raya «—», como ya hacen muchos organismos especializados en inglés para unir dos compuestos en el nombre de una enzima. En los Macintosh®, la raya sale con alt-May-guion en cualquier programa, mientras que en Windows® cuesta un más, pero no más que las comillas latinas («»). Y no faltarán quienes pongan un guion (-) o un menos (–) en vez de la raya (—). Inténtalo con un guion doble (--) aunque Word te lo sustituya.

Con esta primera solución, las enzimas que vimos en la primera parte, y la del enlace anterior, quedarían como:

• la proteína-tirosina—cinasa
• la hidroximetil-glutaril-CoA—reductasa
• la 2-hidroxi-3-oxoadipato—glioxilato-liasa
• la UDP-glucosa—hexosa-1-fosfato—uridililtransferasa

Como ves, la raya nos ayuda a distinguir claramente cada uno de los compuestos y la actividad. Pero si aplicamos este criterio con las enzimas en las que hay varias palabras para un compuesto, el resultado es, cuanto menos, raro. Por ejemplo,

• nitric oxide synthase queda muy raro como «la óxido—nítrico—sintasa», por lo que sería más apropiado traducirla sin calcos como la sintasa del óxido nítrico.
• gamma-L-glutamyl-butirosin B gamma-glutamyl cyclotransferase: esta es para nota, porque como γ-L-glutamil-butirosina B—γ-glutamil—ciclotransferasa queda un espacio que no se debe sustituir con una raya.

¿Te gusta? Pues hay otras soluciones, como vamos a ver muy pronto, en la tercera parte.

Formalin [EN] = formol [ES] ≠ formaldehído

El formol es una disolución acuosa al 40 %, aproximadamente, de formaldehído (formaldehyde, también denominado metanal, aldehído fórmico), por lo que suele contener una mezcla de formaldehído, paraformaldehído, ácido fórmico y metanol. Por eso, formol no es un sinónimo estricto de formaldehído. Tampoco es una buena idea usar formalina, que procede del inglés formalin que a su vez procede de la marca Formalin®, desde 1893.

Y todo porque el ácido fórmico (ácido metanoico) se llamó así al aislarse de las hormigas rojas (Formica rufa) en 1671.

No es común, es frecuente

El significado más habitual para común es que pertenece a todas las personas o cosas de que se trata o se manifiesta en todas ellas, pero también está el significado de que es corriente y admitido por muchos, o el concepto matemático que equivale a la intersección de dos conjuntos (lo que tienen en común), para diferenciarlo de la unión.

El problema surge porque el common inglés tiene un significado más acorde con frecuente, habitual. En consecuencia, hoy en día empieza a ser demasiado común que el uso común de «común» no sea el común.

Ayuditas:
×  Si podemos graduar el nivel de 'comunidad', o sea, que tiene sentido que algo sea muy común o poco común es que nos estamos refiriendo a habitual o frecuente.
√  Si el «común» no admite graduación (tenemos mucho en común, ¿cuál es el factor común?, el bien común), entonces está bien usado.

Traducción de las enzimas polipalábricas (I): Problema

Las enzimas se traducen siguiendo el mismo orden que tienen las palabras en inglés, en lugar de hacer una traducción correcta. Por eso, nitrate synthase se convierte en nitrato sintasa en lugar de sintasa de nitrato. Esto genera un problema gramatical en español: las enzimas tienen género femenino porque el núcleo del sintagma es la palabra acabada en -asa (la última) a pesar de que nuestra gramática dice que, al ser dos sustantivos, el primero es el que gobierna el género y el número (como en el hombre rana y en el coche cama): Por tanto, la nitrato sintasa contraviene las normas del español; lo que pasa es que de tanto usarlo, nos parece normal.

Otro problema de esta traducción directa es que cuando hay más de dos palabras, estamos perdidos. Por ejemplo, protein tyrosine kinase se traduce como proteína tirosina cinasa, lo que nos genera la duda de qué significa realmente, porque cinasa de tirosina de proteína tampoco ayuda mucho, aunque proteotirosina cinasa sí hubiera ayudado, si se usara (quizá por eso algunos bioquímicos la llaman proteín tirosina cinasa). ¡Con lo bonito y claro que hubiera sido llamarla cinasa de tirosinas proteínicas!

Serían muchos los ejemplos de enzimas que piden una desambiguación y corrección al traducirlas. En su blog, Fernando Navarro describe en cinco entradas los principios generales de la nomenclatura de las enzimas. Su propuesta más interesante es que unamos con guiones «-» todas las palabras de la enzima para convertirla en un único término que sería femenino. Sí, resolvemos el problema gramatical, pero generamos un problema conceptual, ya que el guion forma parte del nombre de algunas enzimas: ¿cuantos sustratos o productos hay en la hidroximetil-glutaril-CoA-reductasa? ¿Y en la 2-hidroxi-3-oxoadipato-glioxilato-liasa? Además, el guion ya tiene un uso claro en la nomenclatura química, por ejemplo, para unir números o prefijos latinos a las palabras.

Por tanto se necesita una solución, que veremos en la segunda parte, dentro de unos días (o semanas).

¿Sonar o sónar?

Hay tres  siglas inglesas lexicalizadas que usamos en español con normalidad y están incluidas en el diccionario de forma un poco contradictoria:

1. Láser procede de laser, que en inglés se prouncia /ˈleɪzə/, o sea, una palabra palabra llana, como en español. La lexicalización ha seguido una pronunciación etimológica.
2. Radar, en cambio, se pronuncia en español como aguda aunque en inglés se pronuncie /ˈreɪdɑː/, como llana. ¿Por qué no es rádar? No lo sé, pero ya tenemos un caso en el que la lexicalización no sigue una pronunciación etimológica
3. Y llegamos a sonar, no al verbo, sino al acrónimo de sound navigation and ranging, que en inglés se pronuncia /ˈsəʊnɑː/, también llana y que el DLE solo admite como aguda. Eso sí, estoy convencido de que en las películas siempre la he oído como llana, que sería la pronunciación etimológica.

Lo curioso es que desde la academia me dijeron «sonar» que se pone aguda por el mismo motivo que radar. Yo les he respondido que podría ser llana y etimológica, como láser. Llevo meses esperando la respuesta.

¿Vosotros qué decís: sonar o sónar? Díselo a la academia en el formulario UNIDRAE: http://www.rae.es/formulario/unidrae

Veni et vidi da Vinci

Nada me hace disfrutar más en la National Gallery de Londres que los cuadros de Miguel Ángel y los de Leonardo da Vinci  (la foto que acompaña es mía). El primero se apellida Buonarroti, pero el «da Vinci» del segundo no es su apellido, sino simplemente su procedencia.

Muchos filósofos y artistas de la antigüedad (en el más amplio sentido) tenían un nombre que hemos acompañado de su lugar de procedencia, sobre todo en la antigua Grecia: Thales de Mileto, Parménides de Elea, Pitágoras de Samos, Anaxímenes de Mileto, o Arquímedes de Siracusa. Pero es una práctica que nunca se perdió, como en Don Quijote de la Mancha, y es hoy el origen de muchos apellidos. Entonces, ¿por qué digo que «da Vinci» no es apellido?

Leonardo nació en 1452, pero no está claro si lo hizo en el castillo de Vinci (donde vivía su padre) o en Anchiano (la pedanía de Vinci donde vivía su madre) como hijo natural de Catalina, una campesina, y del rico notario Ser Piero Fruosino di Antonio (el «Ser» indica que es un caballero). Al bautizo no asistieron ninguno de los padres (o al menos el padre), porque no estaban casados, así que le asignaron el nombre Lionardo di ser Piero da Vinci que significaba que era hijo del caballero Piero que vivía en Vinci. Al ser hijo ilegítimo, nunca usó el apellido del padre y firmó todas sus obras como Leonardo o Io, Leonardo («Yo, Leonardo»).

¿Y dónde nos lleva esto? A que, por ejemplo, el famoso libro El código da Vinci no significa realmente que sea un código de Leonardo, sino un código que se halló en Vinci.