Matriz cromática: el heatmap de los biólogos moleculares

Heatmap (o heat map), en el sentido de cualquiera de las representaciones que ilustran esta entrada, no ha tenido traducción en el ámbito de la biología molecular y la bioinformática porque en muchos idiomas hemos optado por usarlo en inglés. Pero vamos a hacer un esfuerzo, con la inestimable ayuda de los compañeros de @tremedica, en especial @navarrotradmed y @Jose_m_montero.

Si alguien está pensando en traducir heatmap por termografía (thermography), que sepa que ya tiene su propio significado y no conviene montar polisemias. En este campo, termograma suele utilizarse para la imagen obtenida con un termógrafo. Aunque termografía según el DLE sea sinónimo de termograma, muchos especialistas consideran la termografía una técnica, no un resultado gráfico.

Además, ¿debe heat traducirse por calor o temperatura cuando lo que se representan son intensidades, actividades, densidades, etc. en una gama de colores? Pues igual no, y la traducción por «de color/es», el adjetivo «cromático» o incluso el prefijo «cromo-» parecen más acertadas.

Con respecto al map, no parece un mapa en el sentido del término en español. Tampoco me parece apropiado llamarlo gráfico porque suele estar más asociado a una representación cartesiana. Se le podría llamar distribución e incluso diagrama, aunque este último queda descartado porque los diagramas cromáticos ya están bien asentados en el campo de la física desde 1931 y no son como los adjuntos a esta entrada. Tampoco podemos usar cromograma porque ya es polisémico (chromogram y kromogram) en la fotografía. Y mucho menos cromatograma (chromatogram), íntimamente ligado a la cromatografía.

La traducción más ajustada será matriz cromática, que no parece tener uso en ningún campo concreto. Tiene la ventaja de que la definición matemática de matriz se ajusta muy bien y ya se ha empleado en otras cosas de aspecto parecido: las micromatrices (microarray o DNA chips). Además, cuadra muy bien con la definición que ofrece la Wikipedia (a heatmap is a graphical representation of data where the individual values contained in a matrix are represented as colors), o sea, que sirven para representar con colores los valores de una matriz. Deben incluir la clave de colores (color key) para los valores representados, que suele ir del rojo al verde pasando por el negro, del rojo o amarillo al azul pasando por el blanco, o cualquier otra gama de tres o más colores.

Por tanto, ¿habrá mejor denominación que matriz cromática? Por lo dicho más arriba, lo prefiero a «matriz de colores», pero no me preguntéis el motivo por el que no veo claro «cromomatriz», a pesar de que la considere más apropiada que «matriz térmica».

Otra ventaja de «matriz cromática» es que nos permite especificar, si el contexto lo necesita y sin forzar la gramática, el tipo de valores que se representan: matriz cromática de intensidades, matriz cromática de densidades, matriz cromática de expresión, etc.

Se admiten sugerencias y puntualizaciones.

7 términos 7 que utilizamos mal

Recientemente he enviado a las redes este artículo en el que se explica por qué son incorrectos una serie de términos relacionados con la salud que oímos y leemos con frecuencia. Te  los resumo aquí:

• carbohidrato, hidrato de carbono → glúcido (palabra de bioquímico);
• flora intestinal, flora bacteriana → microbiota, que ya tratamos en este Nanoblog;
• sistema inmunológico, sistema inmune → sistema inmunitario;
• coeficiente intelectual → cociente intelectual;
• severo → grave, intenso, pronunciado;
• cetosis (aparición de cuerpos cetónicos) ≠ cetoacidosis (exceso de cuerpos cetónicos);
• apretar el abdomen → trabajar los abdominales.

De entrada, bravo por de Vitónica (@vitonica). La otra cara de la moneda la pone la RAE (@RAEinforma), que sanciona como correctos en el DLE y otros diccionarios algunos de los términos erróneos, simplemente por «se usan mucho». Como diría Forges, ¡país!

No confundas conformación con configuración

Si tenemos dos moléculas con los átomos enlazados de la misma manera, pero sabemos que son diferentes (como los limonenos de la imagen), se dice que son estereoisómeros. Los hay de dos tipos: conformacionales (interconvertibles por rotación de los enlaces químicos) y configuracionales (interconvertibles por rotura y formación de enlaces). Así que conformación y configuración no son términos sinónimos.

La conformación alude a la disposición de los elementos que componen un conjunto, por lo que de ella depende la forma final de la molécula. Dicho aspecto surge de la rotación de átomos y grupos atómicos alrededor de cada enlace simple. Por eso suele ocurrir con rapidez, lo que no excluye la existencia de algún impedimento energético o estérico que dificulte o incluso impida los movimientos. Como ejemplos, tenemos el intercambio entre las conformaciones sin/anti de los nucleótidos, o bote/silla y endo/exo para los glúcidos.

Como la configuración electrónica hace referencia a la distribución de los electrones de un átomo en orbitales s, p, d, f, etc., la configuración (que a veces se acompaña del adjetivo «estérica» o «espacial» para diferenciarla de la electrónica) se refiere a la estructura química permanente de una molécula en función de la disposición tridimensional de los átomos o los radicales unidos a un centro quiral o asimétrico. Lo más importante es que para cambiar de configuración hace falta romper enlaces químicos, mientras que no se rompía ninguno cuando se cambiaba de conformación.
Por lo tanto, el paso de una configuración cis a trans, de Z a E y de R a S (sí estas tres parejas se escriben en cursiva) implica la rotura de un enlace. Lo mismo ocurre con las configuraciones D y L (estas no van en cursiva, como mucho en versalita) de los glúcidos. Se consideran estereoisómeros configuracionales los enantiómeros (enantiomers) y los diastereómeros (diastereomer) —también denominados diastereoisómeros (diastereoisomers), pero no es etimológico el término ^⊗diasterómero (^⊗diasteromer)—.

Xantofila, porque no todas las -filas son esdrújulas

Es muy habitual que los términos acabados en -filo o -fila los hagamos esdrújulos porque suelen formarse con el sufijo griego -φιλος (-philos, amante de). Tenemos así de hidrófilo, bibliófilo, necrófilo, pedófilo y zoófilo, entre otros. Entonces, ¿por qué son llanas las palabras clorofila, esporofilo, anisofilo, calofila, macro- y microsporofila, o monofila? Pues porque se forman con otro sufijo griego: φύλλον (phýllon, hoja). Una manera de distinguirlos es que los esdrújulos son adjetivos que proceden de un sustantivo que acaba en -filia (hidrofilia, bibliofilia, necofilia, pedofilia, zoofilia, etc.), mientras que los otros, o son ya son sustantivos, o no proceden de un sustantivo terminado en -filia.

Una vez sabido esto, no debe extrañarnos que el término xantofila (xanthophyll), que reúne los carotenoides pigmentados que proporcionan a las hojas secas su característico tono (así como el código alimentario E-161), sea una palabra llana (como viene en el VCTRAC). Sus formantes vienen del griego xanthos (ξανθός, amarillo) y phýllon (φύλλον, hoja).

¿Acaso habrá quien lo use como esdrújula (xantófila)? Pues sí, son una legión, empezando por la Wikipedia, los códigos alimentarios, diccionarios como el Collins o el DEIA, para acabar en infinidad de blogs y páginas dedicadas a la alimentación. Así que ya podéis empezar a recomendar a diestro y siniestro aquello de «cópiame 100 veces "xantofila es una palabra llana, no esdrújula"».

¿Qué se obtiene de equinos que no son caballos ni iguales? Pues otro calco del inglés

La equinenona [echinenone (EN) o échinénone (FR)] es un lípido que se sintetiza a partir del β-caroteno (mejor que beta-caroteno) tanto en las bacterias como en muchos invertebrados marinos, insectos y mamíferos. Se trata pues de una xantofila (xanthophyll) y no xantófila. Pero esto será otra historia.

Recibió este nombre al aislarse por primera vez de los erizos de mar (sea urchin), o equinos. Estos equinos vienen del griego ἐχῖνος, echînos, y no tienen ninguna relación lingüística con el adjetivo y sustantivo equino referente a los caballos, puesto que viene de la raíz latina equīnus. También debe quedar claro que el equi- de echînos tampoco tiene ninguna relación con el prefijo equi- (del latín aequi-, igual) que aparece en equivalente, equidistante, equiángulo, equilibrio, equinoccio, etc.

Nuestros equinos pertenecen a la clase Echinoidea, o sea, son equinodermos (ἐχῖνος, echînos → erizo, y δέρμα, derma → piel). Por eso, habría que haberse planteado que la traducción  echinenone → equinonona, a pesar de que la traducción más usada, y sancionada por el VCTRAC, sea equinenona, uno de los tantísimos calcos del inglés que superpueblan la ciencia.

El petricor y la tierra mojada

Muchos conocemos e incluso disfrutamos del olor que produce la primera lluvia tras un largo período de sequía. Este aroma ha sido bautizado como petricor (petrichor), por la unión de dos palabras griegas: πέτρα (pétra) que significa piedra e ἰχώρ (icór; ichor transcrito al inglés), palabra con la que se hacía referencia al líquido que fluía por las venas de los dioses en la mitología griega, y que también estaba en la ambrosía o néctar. Apareció por primera vez en 1964 en la revista Nature acuñado por dos geólogos australianos, Isabel Joy Bear y Roderick G. Thomas. Un año después, la palabra aparecía en el título de un nuevo artículo en Nature. 

Bear y Thomas describieron que el olor se debía a la evaporación de un un aceite exudado por ciertas plantas durante periodos de sequía al que se añadían otros compuestos volátiles generados por los microorganismos del suelo, principalmente las actinobacterias y, en menor medida, las cianobacterias y algunos hongos. Entre la media centena de compuestos responsables del petricor destaca la geosmina (geosmin), que significa en griego «aroma de la tierra». Este mismo compuesto produce aromas desagradables en el vino que los catadores denominan aromas terrosos, es característico de las aguas residuales, y es también responsable del sabor a cieno de las carpas.

¡Ah! No busques estos términos en el DLE porque, como otros tantísimos términos científicos, no vienen. En el VCTRAC se recoge geosmina y en el Oxford Reference encontrarás petrichor.

Genómica nutricional, nutrigenética y nutrigenómica

Los términos nutrigenética y la nutrigenómica a menudo se confunden o se utilizan indistintamente de manera errónea, porque son dos caras de la misma moneda, como se observa en la figura adjunta. La «moneda» se denomina genómica nutricional (nutritional genomics) y engloba los estudios que buscan las relaciones entre el genoma humano, la nutrición (alimentación) y la salud.

La nutrigenómica (nutrigenomics) estudia cómo afecta lo que comemos (bien sean los nutrientes, los alimentos en sí, o incluso los suplementos alimenticios) a la expresión de los genes y, en consecuencia, a la salud de la persona. Con ello se persigue la personalización de la dieta en función del genotipo, puesto que cada persona responde de manera diferente a los alimentos debido que su genotipo es diferente al de las demás personas. Un ejemplo sería el estudio de cómo responde la salud cardiovascular o la obesidad de una persona según la cantidad de grasas de la dieta.

Por su parte la nutrigenética (nutrigenetics) estudia el efecto que tienen las diferencias genéticas (polimorfismos) sobre la absorción, el transporte, la metabolización y la eliminación de nutrientes, toxinas y alimentos. Dicho en pocas palabras, pretende prever cómo responderá una persona a los nutrientes ingeridos en función de sus variantes genéticas. Se podría determinar así cuál es la ingestión ideal de calorías, vitaminas y otros nutrientes para cada individuo (no todos tenemos las mismas necesidades nutricionales porque no todos tenemos el mismo genotipo). Por ejemplo, si la persona presenta determinadas mutaciones de la fenilalanina—hidroxilasa, su dieta deberá contener poco o nada del aminoácido fenilalanina.

El resultado común de los estudios de genómica nutricional es la elaboración de una dieta personalizada para prevenir enfermedades y gozar de la mejor salud posible.

El quimo y la quina no cuajan quimosina ni quimiocina

Vamos a tratar de explicar ese galimatías que he puesto por título cuyo nexo de unión son un montón de «qu».

El prefijo inglés chymo-, que viene del griego antiguo ‘χυμός’ (khymos) → jugo, corresponde al prefijo español quimo- que forma parte de términos como quimo (chyme), quimotripsina (chymotrypsin) y quimosina.

La quimosina (chymosin, también conocida como rennin, que se encuentra en el cuajo [rennet]) es una enzima que se secreta durante la digestión de los rumiantes para digerir la leche. Actúa sobre el caseinógeno y lo convierte en la caseína, que es insoluble. De esta forma cuaja la leche en la digestión y también en la fabricación de quesos. No hay que confundir rennin (quimosina) con renin (renina).

Por su parte, el prefijo inglés chemo- se traduce por quimio-, como en quimioterapia y en quimiolitótrofo. Por tanto, la citocina (cytokine) quimiotáctica (chemotactic) que se dedica a atraer los leucocitos a los puntos de inflamación crónica se denominará chemokine → quimiocina.

Está claro que quimosina y quimiocina no tienen nada que ver. Pero cuando chemokine se traduce mal por ⊗quimocina, se convierten en un homófono de quimosina para muchos hispanohablantes. Yo recomiendo encarecidamente poner la «i» de quimiocina en su sitio en lugar de usar la traducción «quimioquina» (o la aún peor ⊗quimoquina), porque a muchos nos hace pensar en un tipo de quina, el vino dulce para niños de otros tiempos.

Clorhidrato ha muerto: ¡viva hidrocloruro!

Seguro que muchos estudiamos que había en química un grupo de ácidos, denominados ácidos hidrácidos (binary acids o hydracids), que se formaban cuando ciertos gases se disolvían en agua. Entre ellos estaban el ácido sulfhídrico, el ácido yodhídrico y el que nos ocupa: el ácido clorhídrico (HCl; hydrochloric acid). Cuando se forma una sal al reaccionar con una base (que en lo que se llama en farmacología una sal por adición de ácido), se le añadía el sufijo -ato (-ate en inglés), por lo que tenía sentido etimológico que sal del ácido clorhídrico se denominara clorhidrato (chlorhydrate, que proviene del francés). Todo esto se considera nomenclatura tradicional.

Sin embargo, en la nomenclatura sistemática se prefiere agruparlos como hidruros no metálicos de carácter ácido, ya que el término ácido debe reservarse a las moléculas con al menos tres átomos de los que uno debe ser oxígeno. Estos hidruros, los antiguos ácidos hidrácidos, están formados por un átomo de hidrógeno y un no metal del grupo 17 (halógenos) o del grupo 16 (anfígenos: azufre, selenio y telurio) y se nombran con la adición de la terminación -uro (-ide en inglés) a la raíz del no metal seguido por «de hidrógeno». Por ejemplo,

• HCl: ya no es ácido clorhídrico, sino cloruro de hidrógeno (hydrogen chloride).
• H₂S: ya no es ácido sulfhídrico, sino sulfuro de dihidrógeno (hydrogen sulfide [sulphide solo en UK]).
• HI: ya no es ácido yodhídrico, sino yoduro de hidrógeno  (hydrogen iodide).
• H₂Te: ya no es ácido telurhírico, sino telururo de hidrógeno (hydrogen telluride).

La consecuencia principal es que los hidrohaluros que se obtienen de la reacción de un haluro de hidrógeno ya no pueden acabar en -ato al no ser ácidos, por lo que han de acabar en -uro, aunque formen las sales por adición de ácido. Por tanto, la sal del HCl será hidrocloruro (hydrochloride), y no clorhidrato.

Que conste que esta explicación no es más que una mera simplificación de una historia más compleja de lo que parece.

Los metros esdrújulos

La mayoría de las unidades con más de una sílaba son palabras llanas que, cuando se les añade un prefijo múltiplo y submúltiplo, mantienen acento en la misma sílaba de la palabra base, por lo que siguen siendo llanas (o agudas, cuando la unidad es un monosílabo). A modo de ejemplo, tenemos mililitro, kilogramo, kilodalton, nanosegundo, miliamperio, micromol, kilojulio, kilovatio, milivoltio, y prácticamente todos los derivados de unidades.

En cambio, con el metro tenemos una excepción al proceder del griego μετρος (metron, que a su vez procede de μέτρον → medida). Por mucho que metro sea una palabra llana, sus múltiplos y submúltiplos se convierten en palabras esdrújulas: kilómetro, milímetro, nanómetro o picómetro, por citar unos pocos. No es ninguna anomalía, porque también son esdrújulos, sin excepción, todos los términos que acaban en -metro: acelerómetro, alcoholímetro, barómetro, colorímetro, cronómetro, diámetro, escalímetro, frecuencímetro, hexámetro, interferómetro, manómetro, ojímetro, parámetro, pulsómetro, ratímetro (que no mide los ratitos, sino las ratas), termómetro, taxímetro, udómetro, y un largo etcétera.

Gracias a @RAEInforma por aportar la información necesaria y a Pilar Comín (@alcancuz) por suscitar la duda.